R 如何解决这个问题；引用字符串中的EOF“；在网页抓取功能中？

因此，我使用了这个网络抓取函数

boldseqspec

，它根据“分类单元”参数中给出的分类群向量返回几个物种标本的数据，如下所示：

df<-bold_seqspec(taxon=c("group1","group2","group3"), format = "tsv")

我以前在read.delim中遇到过这个问题，但我解决了这个问题：

df<-read.delim("file.txt",quote = "",comment.char = "")

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dftsv输出似乎同时包含双引号和单引号，这就是解析出错的原因（有关此问题的更多信息，实际上也是关于生物数据集的，请参阅）

因此，如果您不能设置引号，我建议您使用一种变通方法，通过设置
format=“xml”
并在下一步使用库
xml
（或
xml2
？）和
dplyr
将xml转换为数据帧

library(XML)
library(dplyr) 
xml = bold_seqspec(taxon=c("Cnidaria","Hippocampus"), format = "xml", marker="COI-5P")
df= xmlToDataFrame(xml , stringsAsFactors = FALSE,) %>% 
                        mutate_all(~type.convert(., as.is = T))

希望这能有所帮助。
tsv输出似乎同时包含双引号和单引号，这就是解析出错的原因（有关此问题的更多信息，实际上也是关于生物数据集的，请参阅）

因此，如果您不能设置引号，我建议您使用一种变通方法，通过设置
format=“xml”
并在下一步使用库
xml
（或
xml2
？）和
dplyr
将xml转换为数据帧

library(XML)
library(dplyr) 
xml = bold_seqspec(taxon=c("Cnidaria","Hippocampus"), format = "xml", marker="COI-5P")
df= xmlToDataFrame(xml , stringsAsFactors = FALSE,) %>% 
                        mutate_all(~type.convert(., as.is = T))

希望这能有所帮助。
可复制的示例不会给我带来任何错误。对不起，我现在已经更正了它，它应该会输出错误。我试图运行您的示例。它给了我你也提到过的警告，但它会产生结果。是的，它会输出结果，但数据集比没有发出警告时的数据集要小得多。与我使用“read.delim”函数得到警告时类似，数据集总是更小，并且我正在丢失数据。可复制的示例不会抛出错误。对不起，我现在已经更正了它，它应该会输出错误。我尝试运行您的示例。它给了我你也提到过的警告，但它会产生结果。是的，它会输出结果，但数据集比没有发出警告时的数据集要小得多。与使用“read.delim”函数收到警告时类似，数据集总是较小，并且我正在丢失数据。第一行运行正常，没有错误，但运行第二行返回以下错误：error in（function（class，fdef，mtable）：找不到签名“xml_document”、“missing”、“missing”、“missing”、“missing”、“missing”的函数“xmlToDataFrame”的继承方法第一行运行正常，没有错误，但运行第二行会返回以下错误：函数中的错误（类、fdef、mtable）：找不到签名“xml_文档”、“缺少”、“缺少”、“缺少”、“缺少”、“缺少”的函数“xmlToDataFrame”的继承方法
library(XML)
library(dplyr) 
xml = bold_seqspec(taxon=c("Cnidaria","Hippocampus"), format = "xml", marker="COI-5P")
df= xmlToDataFrame(xml , stringsAsFactors = FALSE,) %>% 
                        mutate_all(~type.convert(., as.is = T))