用R配置MKL

我在使用MKL库触发R线程时遇到问题。我目前正在使用Ubuntu 18.04.2 LTS

Linux pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO 4.18.0-15-generic #16~18.04.1-Ubuntu SMP Thu Feb 7 14:06:04 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

r-open$ screenfetch 
                          ./+o+-       pedro@pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO
                  yyyyy- -yyyyyy+      OS: Ubuntu 18.04 bionic
               ://+//////-yyyyyyo      Kernel: x86_64 Linux 4.18.0-15-generic
           .++ .:/++++++/-.+sss/`      Uptime: 19h 27m
         .:++o:  /++++++++/:--:/-      Packages: 1834
        o:+o+:++.`..```.-/oo+++++/     Shell: bash
       .:+o:+o/.          `+sssoo+/    Resolution: 1920x1080
  .++/+:+oo+o:`             /sssooo.   DE: GNOME 
 /+++//+:`oo+o               /::--:.   WM: GNOME Shell
 \+/+o+++`o++o               ++////.   WM Theme: Adwaita
  .++.o+++oo+:`             /dddhhh.   GTK Theme: Ambiance [GTK2/3]
       .+.o+oo:.          `oddhhhh+    Icon Theme: ubuntu-mono-dark
        \+.++o+o``-````.:ohdhhhhh+     Font: Ubuntu 11
         `:o+++ `ohhhhhhhhyo++os:      CPU: Intel Core i5-4590S @ 4x 3.7GHz [27.8°C]
           .o:`.syhhhhhhh/.oo++o`      GPU: intel
               /osyyyyyyo++ooo+++/     RAM: 2659MiB / 7867MiB
                   ````` +oo+++o\:    
                          `oo++.      

注意：我的机器有4个内核

最初，我在英特尔网站上下载了文件l_mkl_2019.2.187.tgz，并安装了

/home/pedro/

。后来，我下载了

R-3.5.2.tar.gz

文件，用多线程MKL支持编译R。我通过以下方式执行编译：

source /home/pedro/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
cd /home/pedro/Downloads/R-3.5.2 && ./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-lapack --with-blas="-fopenmp -m64 -I$MKLROOT/include -L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lpthread -lm"
make
make install

显然，汇编工作没有出现任何问题。使用

sessionInfo（）

命令，我得到了以下结果：

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/pedro/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/lib/intel64_lin/libmkl_gf_lp64.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8        LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8    LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.2

基本上，我正在尝试使用

parallel:：mclappy

函数并行化蒙特卡罗模拟。事实上，使用MKL串行（1核）我有更好的结果，但是当尝试并行化时，我意识到线程不是在4核中触发的

我使用函数

parallel:：mclappy

所做的是：

parallel:：mclappy（1:8，FUN=function（x）func_metodos（），mc.cores=4））

，其中

func_metodos（）

是我在R中实现的一个函数，希望重复8次

注意：我想要一个解决方案，而不是使用Microsoft R Open。我不喜欢使用微软的东西

---

致以最诚挚的问候。

我在第二章中详细介绍了这一点

• 在
• 基于中的脚本

---

正如我在那里演示的那样，这可以完全自动化。我可以添加更多颜色，但我现在要运行…

您可以并行运行帮助页面中的示例吗？是的，我可以并行运行程序包中的示例。然而，显然线程并没有被分配到多个核心。我通过查看Gnome CPU历史记录工具来说明这一点。无论R是否使用MKL，我相信并行包示例都可以工作，但是，只使用一个内核。好的，我完成了中的步骤。我以前没有做过echo“MKL\u THREADING\u LAYER=GNU”>>/etc/environment。然而，在我的模拟中，我使用BLAS+Lapack大大缩短了模拟时间，而使用MKL则使模拟变得更糟。这让我相信有些事情仍然不对劲。然而，在我的上一次测试中，它并没有编译R。我只是使用apt-get-install R-base安装了它。也许就是这样。我将测试编译R。不，这是一个误解。您不需要为此重新编译R。很高兴知道，没有必要编译R以获得完美的MKL支持。我会尽力找出可能发生的事情。我知道有些问题并行可能不是一个好的解决方案。然而，我坚信情况并非如此，因为使用Blas+Lapack，我的并行性能提高了近50%。很可能是使用“英特尔MKL”库观察到了类似的情况。我很惊讶地看到情况恶化。在我看来，使用

MKL\u THREADING\u LAYER=GNU

会导致MKL使用GNU OpenMP，不知何故，我无法解释为什么比使用Blas、Atlas或OpenBlas慢。我尝试过改变MKL的版本，但也没有成功。在我写博客的时候，我做了一些实验，我确实看到MKL在OpenBLAS中占据主导地位，但没有太多。但我写的，并致力于GitHub，是通用的，并为许多人工作过。我不知道你的设置可能有什么不同，但很可能是这样。