如何通过Rscript和命令行参数从命令行使用knitr？

我有一个R代码

my_code.R

，它接受一个参数文件

test.txt

。我可以使用：

   Rscript -e my_code.R test.txt 

并运行脚本，但我想使用knitR中的stitch（）生成pdf/tex格式的脚本报告

我已经搜索了堆栈溢出并使用了以下建议，但没有得到任何结果：

   Rscript -e "library(knitr);knit('my_code.R "-args arg1=test.txt" ')"
   Rscript -e "knitr::stitch('my_code.R "-args arg1=test.txt"')"

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下面是关于我想要什么（）的另一个类似的讨论，但有添加参数的选项。

您可以使用

knit2pdf

并使用其

envir

参数将参数传递给报表

换句话说，解决方案是创建两个单独的文件：

• 调用

  knit2pdf

  的R脚本如下：

  m_code.R

• 降价报告文件（.Rnw，.Rmd）：

  m\u code\u report.Rnw

m_代码.R 此脚本包含所有您需要的R代码。其思想是创建一个环境变量“params”，您可以在其中放置所有需要显示/显示的参数

library(knitr)
library(markdown)
ff <- commandArgs(TRUE)[1]
params <- new.env()
e$ff <- ff
## here I pass all the parameters to the report
## I assume that the report and the code R in the same location
## the result pdf also will be in the same location , otherwise you can set 
## paths as you like  
knit2pdf('m_code_report.Rnw',envir=params)  report

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我不明白为什么这是不可能的。这是我的代码.R：

commandArgs(TRUE)

我只是跑

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args foo bar whatever=blabla

我得到输出

看来您在最初的尝试中没有正确使用双引号。应该是

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args arg1=test.txt

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我不确定我是否理解正确，但这是否意味着需要创建一个单独的.Rnw文件，以及两个文件是如何连接的？@mshakya我编辑我的答案以添加更多解释。希望现在一切都清楚了。哦，这太好了，我想我用它工作了，但是有没有可能不用使用.Rnw文件，并且可以像使用stitch（）函数一样运行脚本。谢谢，我想这是我想要的，但我可以选择接受这些论点。我不知道这个函数，但我想你可以像我在这个答案中所做的那样使用它的env参数。请注意，

stitch

用于

.R

，而

knit

用于

.Rnw

。这个答案并没有错，但我忽略了这个微妙之处，于是我在一个兔子洞里呆了一段时间。

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args foo bar whatever=blabla

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args arg1=test.txt