使用r从一列替换到另一列

我不熟悉

R

，但有一个非常大的文件要处理。 我在

R

中有一个表，如下所示：

CHROM   POS         ID  REF ALT Sample1 Sample2
   20     1  rs1000000    G   A     1/1     0/0
   20     2  rs1000002    A   G     1/1     0/1
   20     3  rs1000004    A   G     0/0     0/0

我想查看第6列

Sample1

，并用第4列

REF

中相应行中的字母替换“0”。我想删除斜杠，并通过将第6列

Sample1

中的斜杠替换为第5列

ALT

中的字母来重复此操作。我想对表中的每一行都这样做。这是预期的结果：

CHROM   POS         ID  REF ALT Sample1 Sample2
   20     1  rs1000000    G   A      AA     GG
   20     2  rs1000002    A   G      GG     AG
   20     3  rs1000004    A   G      AA     AA

---

谢谢。

您需要首先拆分

/

上的

Sample1

列。检查分割值是否为

0

，然后用

REF

替换该值，否则

ALT

列的内容。最后连接这些替换的值以获得最终结果

对

Sample2

重复相同的过程

（假设-

Sample1

&

Sample2

始终只有

0

或

1

）

库（dplyr）
df%>%
行（）
突变（Sample1=粘贴（如果其他（strsplit（Sample1，split='/'））[[1]]==0，REF，ALT），collapse=“”），
Sample2=粘贴（如果其他（strsplit（Sample2，split='/'）[[1]]==0，REF，ALT），collapse=”“）

给

> df1
  CHROM   POS ID        REF   ALT   Sample1 Sample2
1    20     1 rs1000000 G     A     AA      GG     
2    20     2 rs1000002 A     G     GG      AG     
3    20     3 rs1000004 A     G     AA      AA 

样本数据：

df <- structure(list(CHROM = c(20L, 20L, 20L), POS = 1:3, ID = c("rs1000000", 
"rs1000002", "rs1000004"), REF = c("G", "A", "A"), ALT = c("A", 
"G", "G"), Sample1 = c("1/1", "1/1", "0/0"), Sample2 = c("0/0", 
"0/1", "0/0")), .Names = c("CHROM", "POS", "ID", "REF", "ALT", 
"Sample1", "Sample2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-3L))

#  CHROM POS        ID REF ALT Sample1 Sample2
#1    20   1 rs1000000   G   A     1/1     0/0
#2    20   2 rs1000002   A   G     1/1     0/1
#3    20   3 rs1000004   A   G     0/0     0/0

df如果它帮助您解决了问题，那么您可能会想这样做，这样就可以认为问题已经解决了。