R 如何在Swave PDF报告中包含shell命令结果？

我需要在swave PDF报告中包含shell调用的结果和报告，但在chunk参数中找不到任何参数

例如，当我应用以下代码时：

> system(" makeblastdb -in mouseX.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out mouseXdb")

报告说：

Building a new DB, current time: 05/01/2015 18:31:57
New DB name:   mouseXdb
New DB title:  mouseX.fasta
Sequence type: Nucleotide
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added 1 sequences in 1.08783 seconds.

但当我使用打印或回音等参数时，它不会显示在Swave报告中

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另一个例子是，我可能希望使用对header命令的shell调用在报告中包含文件头。

您是否尝试使用

rep@floor0抱歉，但不起作用。。。它返回零…回答了你的问题吗？@Jthorpe不幸的是没有。。我希望执行消息不是系统调用的输出，当我这样做时，它只需要一个空字符