R中的滑动窗口函数

有人知道R中是否有滑动窗口方法用于二维矩阵而不仅仅是向量。我需要将中值函数应用于存储在矩阵中的图像

优秀的光栅软件包中的函数

focal（）

。除了下面的示例中所示的参数之外，它还接受了几个参数，如果需要的话，可以用来指定非矩形滑动窗口

library(raster)

## Create some example data
m <- matrix(1, ncol=10, nrow=10)
diag(m) <- 2
r <- as(m, "RasterLayer") # Coerce matrix to RasterLayer object

## Apply a function that returns a single value when passed values of cells
## in a 3-by-3 window surrounding each focal cell 
rmean <- focal(r, w=matrix(1/9, ncol=3, nrow=3), fun=mean)
rmedian <- focal(r, w=matrix(1/9, ncol=3, nrow=3), fun=median)

## Plot the results to confirm that this behaves as you'd expect
par(mfcol=c(1,3))
plot(r)
plot(rmean)
plot(rmedian)

## Coerce results back to a matrix, if you so desire
mmean <- as(rmean, "matrix")

库（光栅）
##创建一些示例数据
m我知道这是一个老问题，但在解决类似问题时，我已经多次遇到这个问题。虽然光栅包中的焦点函数非常简单方便，但我发现在处理大型光栅时，它的速度非常慢。有很多方法可以尝试解决这个问题，但我发现的一种方法是使用系统命令来“whitebox工具”，这是一组命令行驱动的光栅分析工具。它的主要优点是并行执行这些工具，并真正利用了多核CPU。我知道R有许多集群函数和包（我用于randomforest模型光栅预测），但我一直在为R中的许多并行计算实现而挣扎。Whitebox工具具有用于均值、最大值、多数值、中值等的离散函数。。。过滤器（更不用说地形处理工具的负载了，这对于以DEM为中心的分析非常有用）

我如何使用白盒工具在大型分类土地覆盖光栅（nrow=3793，ncol=6789，ncell=25750677）的R in中实现模式或多数过滤器（3x3窗口）的一些示例代码：

system('C:/WBT2/target/release/whitebox_tools --wd="D:/Temp" ^
--run=MajorityFilter -v --input="input_rast.tif" ^
--output="maj_filt_rast.tif" --filterx=3 --filtery=3', 
wait = T, timeout=0, show.output.on.console = T)

执行上述代码的时间不到3.5秒，同时使用“modal”的等效光栅包“focal”功能（也来自光栅包）需要5分钟完成以下代码：

maj_filt_rast<- focal(input_rast, fun=modal, w=matrix(1,nrow=3,ncol=3))

maj_filt\u rast focalFilter的位置可能是重复的，您确定它在光栅中吗？@mdsumner--Oops，看起来它现在已经从光栅包中消失了（如
？focal
的注释部分所述）。相反，当前的
focal（）
可以完成旧的
focal（）
和
focalFilter（）所做的一切。这是通过允许
w=
参数交替地获取权重矩阵来实现的，这就是
focalFilter（）
过去所做的。简而言之，
filter（）
是所有需要的，我将相应地修改这篇文章。谢谢你指出这一点。我试过了，效果很好。不幸的是，它挂在1280x1024个图像上，窗口宽度约为10。然而，3完成了，但在我的计算机上至少需要5分钟：（太糟糕了。我很想知道是否有更快的替代方案。不过，我不太抱希望，因为这似乎是一种固有的耗时计算类型。（FWIW，
ma3x3.matrix（）
来自limma软件包，比
focal（）慢一点）
，并且只允许3乘3移动窗口。）