R ggplot2散点图，包括平均值和双向SD条的叠加

这个问题是前面提出的一个问题的直接继承，这个问题被称为“两组的ggplot散点图，具有X和Y误差条的叠加平均值”。这个问题的答案看起来正是我想要完成的，但是提供的代码导致了一个我无法回避的错误。这里我将使用我的数据作为示例，但我也尝试了原始问题代码，得到了相同的结果。 我有一个数据框，看起来像这样：

structure(list(Meta_ID = structure(c(15L, 22L, 31L, 17L), .Label = c("NM*624-46", 
"NM*624-54", "NM*624-56", "NM*624-61", "NM*624-70", "NM624-36", 
"NM624-38", "NM624-39", "NM624-40", "NM624-41", "NM624-43", "NM624-46", 
"NM624-47", "NM624-51", "NM624-54 ", "NM624-56", "NM624-57", 
"NM624-59", "NM624-61", "NM624-64", "NM624-70", "NM624-73", "NM624-75", 
"NM624-77", "NM624-81", "NM624-82", "NM624-83", "NM624-84", "NM625-02", 
"NM625-10", "NM625-11", "SM621-43", "SM621-44", "SM621-46", "SM621-47", 
"SM621-48", "SM621-52", "SM621-53", "SM621-55", "SM621-56", "SM621-96", 
"SM621-97", "SM622-51", "SM622-52", "SM623-14", "SM623-23", "SM623-26", 
"SM623-27", "SM623-32", "SM623-33", "SM623-34", "SM623-55", "SM623-56", 
"SM623-57", "SM623-58", "SM623-59", "SM623-61", "SM623-62", "SM623-64", 
"SM623-65", "SM623-66", "SM623-67", "SM680-74", "SM681-16"), class = "factor"), 
Region = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("N", "S"
), class = "factor"), Tissue = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L
), .Label = c("M", "M*"), class = "factor"), Tag_Num = structure(c(41L, 
48L, 57L, 43L), .Label = c("621-43", "621-44", "621-46", 
"621-47", "621-48", "621-52", "621-53", "621-55", "621-56", 
"621-96", "621-97", "622-51", "622-52", "623-14", "623-23", 
"623-26", "623-27", "623-32", "623-33", "623-34", "623-55", 
"623-56", "623-57", "623-58", "623-59", "623-61", "623-62", 
"623-64", "623-65", "623-66", "623-67", "624-36", "624-38", 
"624-39", "624-40", "624-41", "624-43", "624-46", "624-47", 
"624-51", "624-54", "624-56", "624-57", "624-59", "624-61", 
"624-64", "624-70", "624-73", "624-75", "624-77", "624-81", 
"624-82", "624-83", "624-84", "625-02", "625-10", "625-11", 
"680-74", "681-16"), class = "factor"), Lab_Num = structure(1:4, .Label = c("C4683", 
"C4684", "C4685", "C4686", "C4687", "C4688", "C4689", "C4690", 
"C4691", "C4692", "C4693", "C4694", "C4695", "C4696", "C4697", 
"C4698", "C4699", "C4700", "C4701", "C4702", "C4703", "C4704", 
"C4705", "C4706", "C4707", "C4708", "C4709", "C4710", "C4711", 
"C4712", "C4713", "C4714", "C4715", "C4716", "C4717", "C4718", 
"C4719", "C4720", "C4721", "C4722", "C4723", "C4724", "C4725", 
"C4726", "C4727", "C4728", "C4729", "C4730", "C4731", "C4732", 
"C4733", "C4734", "C4735", "C4736", "C4737", "C4738", "C4739", 
"C4740", "C4741", "C4742", "C4743", "C4744", "C4745", "C4746", 
"C4747", "C4748"), class = "factor"), C = c(46.5, 46.7, 45, 
43.6), N = c(12.9, 13.7, 14.5, 13.4), C.N = c(3.6, 3.4, 3.1, 
3.3), d13C = c(-19.7, -19.5, -19.4, -19.2), d15N = c(13.3, 
12.4, 11.7, 11.9)), .Names = c("Meta_ID", "Region", "Tissue", 
"Tag_Num", "Lab_Num", "C", "N", "C.N", "d13C", "d15N"), row.names = c(NA, 
4L), class = "data.frame")

我想要生成的是原始数据的散点图，每个“区域”都有双向误差条，覆盖着数据平均值。为了实现这一点，我使用plyr总结我的数据，并生成平均值和SD。然后我使用ggplot2：

library(plyr)
Basic <- ddply(First.run,.(Region),summarise,
       N = length(d13C),
       d13C.mean = mean(d13C),
       d15N.mean = mean(d15N),
       d13C.SD = sd(d13C),
       d15N.SD = sd(d15N))

ggplot(data=First.run, aes(x = First.run$d13C, y = First.run$d15N))+
 geom_point(aes(colour = Region))+
 geom_point(data = Basic,aes(colour = Region))+ 
 geom_errorbarh(data = Basic, aes(xmin = d13C.mean + d13C.SD, xmax = d13C.mean -         d13C.SD,
                               y = d15N.mean, colour = Region, height = 0.01))+ 
  geom_errorbar(data = Basic, aes(ymin = d15N.mean - d15N.SD, ymax = d15N.mean + d15N.SD, 
                             x = d13C.mean,colour = Region))

库（plyr）
基本我最后将两个“N”区域改为“S”，这样我就可以计算两组的标准偏差

我认为问题在于你在一些几何图形中缺少了所需的美学（例如，
geom_point
缺少x和y）。至少，在每台geom中融入所有必要的美学元素似乎可以让一切正常运转。我在做这件事的时候清理了一些其他的东西，把代码缩短了一点

ggplot(data = First.run, aes(x = d13C, y = d15N, colour = Region)) +
    geom_point() +
    geom_point(data = Basic,aes(x = d13C.mean, y = d15N.mean)) + 
    geom_errorbarh(data = Basic, aes(xmin = d13C.mean + d13C.SD, 
         xmax = d13C.mean - d13C.SD, y = d15N.mean, x = d13C.mean), height = .5) + 
    geom_errorbar(data = Basic, aes(ymin = d15N.mean - d15N.SD, 
         ymax = d15N.mean + d15N.SD, x = d13C.mean, y = d15N.mean), width = .01)

最后我把其中两个“N”区域改为“S”，这样我就可以计算两组的标准偏差

我认为问题在于你在一些几何图形中缺少了所需的美学（例如，
geom_point
缺少x和y）。至少，在每台geom中融入所有必要的美学元素似乎可以让一切正常运转。我在做这件事的时候清理了一些其他的东西，把代码缩短了一点

ggplot(data = First.run, aes(x = d13C, y = d15N, colour = Region)) +
    geom_point() +
    geom_point(data = Basic,aes(x = d13C.mean, y = d15N.mean)) + 
    geom_errorbarh(data = Basic, aes(xmin = d13C.mean + d13C.SD, 
         xmax = d13C.mean - d13C.SD, y = d15N.mean, x = d13C.mean), height = .5) + 
    geom_errorbar(data = Basic, aes(ymin = d15N.mean - d15N.SD, 
         ymax = d15N.mean + d15N.SD, x = d13C.mean, y = d15N.mean), width = .01)

对于您提供的小数据集，这对我来说没有错误。您的R/ggplot2是最新的吗？谢谢您指出这一点。我添加了一个编辑来解决这个问题。请使用fix（）手动将其中一个“N”区域更改为“S”，以便表示我的数据中的两个区域。然后我得到的错误发生了。很抱歉疏忽了。对于您提供的小数据集，这对我来说没有错误。您的R/ggplot2是最新的吗？谢谢您指出这一点。我添加了一个编辑来解决这个问题。请使用fix（）手动将其中一个“N”区域更改为“S”，以便表示我的数据中的两个区域。然后我得到的错误发生了。抱歉疏忽了。