Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/77.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
在glmer混合效应模型中加入随机项;错误消息:无法收敛_R_Lme4_Random Effects - Fatal编程技术网

在glmer混合效应模型中加入随机项;错误消息:无法收敛

在glmer混合效应模型中加入随机项;错误消息:无法收敛,r,lme4,random-effects,R,Lme4,Random Effects,我正在分析一个实验的数据,在时间上复制,在那里我测量了土壤表面的植物出苗情况。我进行了3次实验,用术语trialnum表示,并希望将trialnum作为随机效应包括在内 以下是所涉及变量的摘要: data.frame: 768 obs. of 9 variables: $ trialnum : Factor w/ 2 levels "2","3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ Flood : Factor w/ 4 levels "0","5","10","1

我正在分析一个实验的数据,在时间上复制,在那里我测量了土壤表面的植物出苗情况。我进行了3次实验,用术语
trialnum
表示,并希望将
trialnum
作为随机效应包括在内

以下是所涉及变量的摘要:

data.frame: 768 obs. of  9 variables:
 $ trialnum : Factor w/ 2 levels "2","3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Flood    : Factor w/ 4 levels "0","5","10","15": 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 ...
 $ Burial   : Factor w/ 4 levels "1.3","2.5","5",..: 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 ...
 $ biotype  : Factor w/ 6 levels "0","1","2","3",..: 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 ...
 $ soil     : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ n        : num  15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 ...
其中,
trialnum
为实验运行,
Flood
Hearting
biotype
为输入/自变量,
soil
为响应/因变量

我之前使用所有输入变量创建了此模型:

glmfitALL <-glm(cbind(soil,n)~trialnum*Flood*Burial*biotype,family = binomial(logit),total)`
trialnum
意义重大。共进行了3次实验,我的分析中只包括其中的2次。有人建议我将trialnum作为随机效应加入,这样我就不必单独报告实验运行情况

为此,我创建了以下模型:

glmerfitALL <-glmer(cbind(soil,n)~Flood*Burial*biotype + (1|trialnum), 
data = total, 
family = binomial(logit), 
control = glmerControl(optimizer = "bobyqa"))

glmerfitALL关于特征值,主要建议如下


关于RE组,关于本征值,主要建议如下


关于重新分组,请参阅。

有关尝试重新调整glmer适合度的内容,请参见
?收敛。(对您的模型的快速评论-glm适合192个参数,这与您的数据大小相当大/是否有足够的案例支持这一点,以及符号可能是
cbind(土壤,n-土壤)
?。对于RE,方差估计不好,因为
trialnum
只有两组)请参见
?收敛
,了解重新调整glmer拟合的方法。(对您的模型的快速评论-glm适合192个参数,这与您的数据大小相当大/是否有足够的案例支持这一点,以及符号可能是
cbind(土壤,n-土壤)
?。对于RE,方差估计不好,因为
trialnum
只有两组)
glmerfitALL <-glmer(cbind(soil,n)~Flood*Burial*biotype + (1|trialnum), 
data = total, 
family = binomial(logit), 
control = glmerControl(optimizer = "bobyqa"))
glmerfitALL <-glmer(cbind(soil,n)~Flood*Burial*biotype*(1|trialnum), 
data = total, 
family = binomial(logit), 
control = glmerControl(optimizer = "bobyqa"))