为多个输入文件设置多个目标文件-sortBam

作为前言，我对使用R是相当陌生的

我正在处理Rsamtools包，我正在尝试对bam文件进行排序。我正在使用sortBam（）命令，它需要以下信息：

sortBam(file, destination, ...). 

我有一个R对象，其中包含5个文件：

bamfiles <- list.files(fileDir, pattern = "\\.bam", full.names = TRUE)

---

bamfiles假设在三个不同的目录中有3个bam文件

bams <- list.files(".", patter="*.bam", full=T, recur=T)
bams
# [1] "./d1/100.bam" "./d2/11.bam"  "./d3/28.bam" 

排序部分：

for (i in 1:length(bams)) {
  sortBam(bams[i], des[i])
}

磁盘上的结果文件

ll -htr *
d1:
total 72K
-rw-rw-r-- 1 35K Apr  8  2016 100.bam
-rw-rw-r-- 1 35K Apr  8  2016 100.sorted.bam

d2:
total 64K
-rw-rw-r-- 1 30K Apr  8  2016 11.bam
-rw-rw-r-- 1 31K Apr  8  2016 11.sorted.bam

d3:
total 80K
-rw-rw-r-- 1 40K Apr  8  2016 28.bam
-rw-rw-r-- 1 40K Apr  8  2016 28.sorted.bam

非常感谢你！这解决了我的问题。我很好奇sortBam是否可以同时在多个文件上使用，所以这也是一个很好的发现。
ll -htr *
d1:
total 72K
-rw-rw-r-- 1 35K Apr  8  2016 100.bam
-rw-rw-r-- 1 35K Apr  8  2016 100.sorted.bam

d2:
total 64K
-rw-rw-r-- 1 30K Apr  8  2016 11.bam
-rw-rw-r-- 1 31K Apr  8  2016 11.sorted.bam

d3:
total 80K
-rw-rw-r-- 1 40K Apr  8  2016 28.bam
-rw-rw-r-- 1 40K Apr  8  2016 28.sorted.bam