R 在一个图中绘制光谱数据

我有多个数据帧，其中第一列（最后用NA填充）是波数，其他列是我的多个观测的特定波数变量

是否有可能以这样的方式绘制列：我的第一列保存x轴的变量，而另一列使用各自的y值绘制成一个大图

我已经尝试过“matplot”（结果是“数字”而不是点）

不同的“xyplot”集合（不可能给出多个y值），但似乎都不起作用（就我对R的知识水平而言）

最终结果应该是这样的

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谢谢你的帮助

你可以自己做这个；当没有任何东西真正适合我的需要时，我会定期执行这些功能。 我很快就完成了，但你可以根据自己的需要调整

# generate data
set.seed(6)
n <- 50
dat <- data.frame(x1=seq(1,100, length.out = n), 
                  x2=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n),
                  x3=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n, mean = 3),
                  x4=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n, mean = 5))
# make some NAs at the end
dat[45:n,2] <- NA
dat[30:n,3] <- NA




plot_multi <- function(df, x=1, y=2, cols=y,
                       xlim=range(df[,x], na.rm = T),
                       ylim=range(df[,y], na.rm = T),
                       main="", xlab="", ylab="", ...){
  # setup plot frame
  plot(NULL, 
       xlim=xlim, 
       ylim=ylim,
       main=main, xlab=xlab, ylab=ylab)

  # plot all your y's against your x
  pb <- sapply(seq_along(y), function(i){
    points(df[,c(x, y[i])], col=cols[i], ...)
  })
}

plot_multi(dat, y=2:4, type='l', lwd=3, main = ":)",
           xlab = "Wavelength", ylab = "Absorbance")

#生成数据
种子（6）
n您可以使用R软件包，该软件包用于处理光谱数据（完全公开，我是维护人员之一）：

库（pavo）
df您可以尝试将数据重塑为所述的长格式，然后使用ggplot2软件包。要获得更多详细的帮助，请发布一些示例数据。在控制台中键入
dput（df）
；这将输出的数据作为文本，你可以张贴在这里。谢谢，这正是我所需要的！请接受我的投票，先生！简短的附加问题：如何更改各个轴的值，以便“缩放”到绘图中的特定间隔？我该如何改变你的功能呢？再次非常感谢！没问题，您可以根据要打印的部分选择数据帧的行。例如，如果要绘制从索引（而不是波长）100到200的值，可以为函数指定
光谱[100:200，]
，它将正常工作。我会让你知道如何得到对应于波长范围的指数。我得到的是x轴的指数，但我的意思也是y轴的指数，就像在你编辑的图中：我如何将y轴设置固定在，比如说，“3-5吸光度”，即使数据超过“400-600波长”中的“5吸光度”？我希望我能解释我的意思；）啊，我更新了我的答案，使函数以xlim和ylim作为参数。您可以通过这些来指定所需的范围（作为值，而不是这次的索引）。为您的示例设置
ylim=c（3,5），xlim=c（400600）
。效果非常好！再次感谢！
# generate data
set.seed(6)
n <- 50
dat <- data.frame(x1=seq(1,100, length.out = n), 
                  x2=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n),
                  x3=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n, mean = 3),
                  x4=seq(1,20, length.out = n)+rnorm(n, mean = 5))
# make some NAs at the end
dat[45:n,2] <- NA
dat[30:n,3] <- NA




plot_multi <- function(df, x=1, y=2, cols=y,
                       xlim=range(df[,x], na.rm = T),
                       ylim=range(df[,y], na.rm = T),
                       main="", xlab="", ylab="", ...){
  # setup plot frame
  plot(NULL, 
       xlim=xlim, 
       ylim=ylim,
       main=main, xlab=xlab, ylab=ylab)

  # plot all your y's against your x
  pb <- sapply(seq_along(y), function(i){
    points(df[,c(x, y[i])], col=cols[i], ...)
  })
}

plot_multi(dat, y=2:4, type='l', lwd=3, main = ":)",
           xlab = "Wavelength", ylab = "Absorbance")

file <- 'http://openmv.net/file/tablet-spectra.csv'
spectra <- read.csv(file, header = FALSE)

# remove box label
spectra <- spectra[,-1] 

# add the 'wavelength' and rotate the df
# (i didn't find the actual wavelength values, but hey).
spectra <- cbind(1:ncol(spectra), t(spectra)) 

plot_multi(spectra, y=2:ncol(spectra), cols = rainbow(ncol(spectra)),
           type='l', main=":))", ylab="Absorbance", xlab = "'Wavelength'")