在共享服务器上运行R的包管理

一些背景知识：我是一名刚刚开始为我们部门维护服务器的系统管理员。服务器上有几个虚拟机，大部分是Ubuntu SE 12.04，通常每个项目都有一个单独的虚拟机

我们使用的工具之一是R和RStudio，也是服务器版。我已经设置好了，这样每个人都可以通过浏览器访问它，但我仍然想知道处理包管理的最佳方法是什么。理想情况下，我将有一个文件夹/库和我们的“通用”包，这在许多项目和用例中都很常见。我会管理这个库，因为我是sudo中唯一的用户。我的同事应该能够在他们的“个人”R文件夹中逐个添加包，如果某个包在我们的主文件夹中不可用，这些文件夹将作为备份进行检查

我的问题有几个部分： -这真的是一种可行的方法吗？ -我将如何配置它？ -有没有一种方法可以轻松地自动化此库，以便在其他VM中使用

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关于Python，我有一个类似的问题，但也许我应该提出一个新问题。

R默认支持包的多个库。库基本上只是放置已安装包的文件夹。 你可以用

.libPaths() 

在R中查看系统上用作库的路径。在我的Ubuntu 13.10系统上，有

• 位于“~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0”的个人库，其中放置了用户安装的软件包
• “/usr/lib/R/library”，其中放置通过apt get安装的软件包并
• “/usr/lib/R/site library”，这是一个系统范围的库，用于所有用户共享的包

您可以向R中添加其他库，但从我对您的问题的理解来看，将包安装到/usr/lib/R/site library可能是您想要的。通过以root用户身份运行R，并像往常一样从那里调用install.packages（）和update.packages（），可以相对轻松地对其进行归档。但是，以root用户身份运行R会带来安全风险，这不是一个好主意，因此最好创建一个对/usr/lib/R/site library具有写访问权限的独立用户，并使用该用户而不是root用户

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如果您在多个VM上装载/usr/lib/R/site library，它们还应该共享安装在那里的软件包。这是否回答了您的问题？

拥有公共图书馆和个人图书馆位置是完全可行的

每个用户应设置两个环境变量

R_LIBS

应指向公共库，

R_LIBS_用户

应指向其个人位置。有关更多信息，请参见

？.Library

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您可以使用

.libPaths（）

检查用户的库路径。您可能希望用户将软件包安装到其个人库中，因此可能需要进行一些修改，以确保个人库是

.libpath（）

的第一个元素欢迎使用so。这应该转到，看看页面，他们可以更好地回答你。好luck@Llopis系统管理员的问题通常发生在服务器故障上，但这是关于编程工具的，所以没问题。从“有关专业服务器、网络或相关基础设施管理的问题，除非直接涉及编程或编程工具，否则不属于堆栈溢出的主题”中可以看出，对于列出的目录，您将如何编写配置文件？你能提供一个片段吗？