带knitr的动态rgl图

我想通过

knitr

在我的

.Rnw

文档中包含动画

rgl

图形。这是我的MWE：

\documentclass{article}

<< label = setup, include = FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path = 'figure/',  cache = FALSE, dev = "pdf",  fig.align = 'center', fig.show = 'hold', fig.width = 3, fig.height = 3,  echo = TRUE, warning = FALSE, message = FALSE, size = 'footnotesize', comment=NA, results='hold')

knit_hooks$set(par = function(before, options, envir){
if (before && options$fig.show!='none')
 par(mar = c(4, 4, 0.1, 0.1), cex.lab = 0.95, cex.axis = 0.9, mgp = c(2, 0.7, 0), tcl = -0.3)
}
)
knit_hooks$set(rgl = function(before, options, envir) {
  if (!before) {
    ## after a chunk has been evaluated
    if (rgl.cur() == 0) return()  # no active device
    name = paste(options$fig.path, options$label, sep = '')
    rgl.snapshot(paste(name, '.png', sep = ''), fmt = 'png')
    return(paste('\\includegraphics{', name, '}\n', sep = ''))
  }
}
)

options(replace.assign = TRUE, width = 60)
@ 
\begin{document}

<< label=packages >>=
library(car)
@
<< label=rgl1, rgl=TRUE, fig.show='animate' >>=
scatter3d(prestige ~ income + education, data=Duncan)
@

\end{document}

我的

sessionInfo（）

是

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] tools     stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] mgcv_1.8-2    nlme_3.1-117  rgl_0.93.1098 car_2.0-21    knitr_1.6.15 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] evaluate_0.5.5  formatR_1.0     grid_3.1.1      highr_0.3      
[5] lattice_0.20-29 MASS_7.3-34     Matrix_1.1-4    nnet_7.3-8     
[9] stringr_0.6.2  

已编辑

---

将

opts_chunk$set

中的

fig.path='figure/'

更改为

fig.path='

，将使用

png

图形编译文档，但不带任何动画。如何使用

fig.path='figure/'

获得动画的

rgl

图形我有一个基于您的示例，它在RStudio 0.99.441的Windows 8.1上使用knitr

这将生成情节的40帧动画。它使用内置的

hook\u plot\u custom

来包含通过设置3d绘图动画手动生成的绘图。动画的代码基于

play3d

和

movie3d

的帮助和来源中的代码

movied3d

本身无法使用，因为它的文件命名过于死板

我已经在github上发布了这个。pdf在

---

此示例在我的环境中非常有效。在

Pixmap save

错误中引用的文件名看起来非常奇怪。你的工作目录是什么？感谢@BenBolker对我的问题感兴趣。我的工作目录是

D:\A B\C D UAF\Test\knitr\rglAnimation

。我强烈建议您尝试一个路径名中没有空格的工作目录。这在文档中可能没有明确禁止，并且可能在包代码级别上是可以修复的，但是这种情况经常会破坏依赖于系统调用的R代码。您是对的@BenBolker。即使从工作目录的名称中删除空格也不起作用。谢谢@NickK的出色回答。在我的机器上，

fig.path='figure/'

不起作用，因此我必须将

fig.path='figure/'

更改为

fig.path='

。你知道这段代码将如何用于

fig.path='figure/'

。如果您能告诉我Adobe Reader播放动画，我将不胜感激。ThanksI不得不手动创建“figure”子文件夹，之后工作正常。你能确认你是否已经有一个同名的文件夹吗？如果没有，则使用您喜欢的任何方式创建一个（

dir.create（“figure”）

）。我也会尝试使用

png（“figure/test.png”）；地块（1）；dev.off（）

。我使用Windows上的Adobe Reader席（当前版本）和AcROTAT X也在Windows上。它在苏门答腊岛（RStudio中的PDF阅读器）或我尝试过的任何iOS PDF阅读器（包括Adobe自己的）上都不会动画。通过将生成的PNG通过ffmpeg生成一个.mp4文件，然后使用media9嵌入它，可以生成一个在Okular和Adobe reader上都能工作的动画。但是我不认为knitr直接支持这个功能，所以它需要更多的编码。理论上，iOS上的ezPDFreader也会支持这一点，尽管我没有测试它。我在RStudio PDF viewer中运行第一个示例，它会显示一些动画大约1秒，然后我在par3d中得到

Error:chunk 2（label=rgl1）Error（windowRect=100+opts_current$get（“dpi”）*c（0，0，opts_current$get（“fig.width”），：参数“windowRect”的执行暂停了错误的长度

@akhmed您确定没有错误的内容吗？您可以省略该行，它仍然可以工作，但会小于设置的大小。

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] tools     stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] mgcv_1.8-2    nlme_3.1-117  rgl_0.93.1098 car_2.0-21    knitr_1.6.15 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] evaluate_0.5.5  formatR_1.0     grid_3.1.1      highr_0.3      
[5] lattice_0.20-29 MASS_7.3-34     Matrix_1.1-4    nnet_7.3-8     
[9] stringr_0.6.2  

\documentclass{article}
\usepackage{animate}

<< label = setup, include = FALSE>>=
library("rgl")
library("car")
library("knitr")
knit_hooks$set(rgl = hook_plot_custom)
@ 
\begin{document}

<< label=rgl1, rgl=TRUE, fig.show='animate', fig.width=5, fig.height=5, out.width='.6\\linewidth', dev='png', fig.num = 40, interval=0.1>>=
scatter3d(prestige ~ income + education, data=Duncan)
M <- par3d("userMatrix")
par3d(windowRect = 100 + opts_current$get("dpi") *
        c(0, 0, opts_current$get("fig.width"), 
        opts_current$get("fig.height")))
spinFunc <- par3dinterp(userMatrix=list(M,
                             rotate3d(M, pi/2, 1, 0, 0),
                             rotate3d(M, pi/2, 0, 1, 0)))
for(i in 1:40) {
  par3d(spinFunc(i / 10))
  Sys.sleep(0.05)
  rgl.snapshot(fig_path(".png", number = i), fmt = "png")
}
@

\end{document}

\documentclass{article}
\usepackage{animate}

<< label = setup, include = FALSE>>=
  library("rgl")
library("car")
library("knitr")
hook_rgl_spin <- function(before, options, envir) {
  if (!before) {
    par3d(windowRect = 100 + options$dpi *
          c(0, 0, options$fig.width, 
            options$fig.height))
    if (!is.null(options$spin3d.axis)) {
      spin3d.axis <- options$spin3d.axis
    } else {
      spin3d.axis <- c(0, 0, 1)
    }
    if (!is.null(options$spin3d.rpm)) {
      spin3d.rpm <- options$spin3d.rpm
    } else {
      spin3d.rpm <- c(0, 0, 1)
    }
    spinFunc <- spin3d(axis = spin3d.axis, rpm = spin3d.rpm)
    for(i in 1:options$fig.num) {
      par3d(spinFunc(i * options$interval))
      Sys.sleep(0.05)
      rgl.snapshot(fig_path(".png", number = i), fmt = "png")
    }

    hook_plot_custom(before, options, envir)
  }
}
knit_hooks$set(rgl = hook_rgl_spin)
@ 
  \begin{document}

<< label=rgl1, rgl=TRUE, fig.show='animate', fig.width=5, fig.height=5, out.width='.6\\linewidth', dev='png', fig.num = 40, interval=0.1, spin3d.axis=c(0, 0, 1), spin3d.rpm = 20>>=
  scatter3d(prestige ~ income + education, data=Duncan)
@

  \end{document}