在R和通用工作区管理中组合或合并工作区

我经常发现自己在一个计算系统关闭/繁忙时将工作区转移到不同的scratch驱动器等，或者，我想同时运行两个冗长的软件包，以节省时间并在不同的位置两次加载相同的工作区

正因为如此，我非常喜欢一种在工作空间之间查看不同对象的方法，以及一种组合它们的方法，只将新的、更改的或更新的工作空间对象添加到类似的工作空间中。这对我非常有用

到目前为止，我靠的是手工记笔记，两周后我就被我的涂鸦弄糊涂了。我真的只是想学习好的工作习惯和习惯，让这一切变得更容易

一般来说，我真的很想了解更多关于工作区管理的知识，以及有经验的用户如何为长期、持续的项目保持工作区的全面和整洁。我经常使用Rstudio，但远程工作或使用我们的HPC系统可能会有点滞后和笨拙，所以我倾向于使用命令行和交互式会话

我认为制作对象列表可能是关键，但我希望能够更容易地对事物进行注释，可能使用用于制作对象的数据和参数等

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谢谢。

我认为需要在这里构建自己的功能，并执行以下操作：

• 使用以下命令逐个加载工作区：

  load()
  

• 重命名工作区的每个元素，以防止在加载另一个工作区或将其放入列表时重写

• 使用以下内容检查工作区的时间戳：

  file.info()
  

• 并且只保留最新的对象，然后保存在某个最新的工作区中

例如：

for(i in 1:10){
    dummy <- rnorm(1)
    Sys.sleep(1.3)
    save(dummy,file=paste("test",i,".Rdata",sep=""))
}

DUMMY <- list()
timestamps <- NULL

for(i in 1:10){
    filename <- paste("test",i,".Rdata",sep="")
    load(filename)
    DUMMY[[i]] <- dummy
    timestamps[i] <- file.info(filename)$mtime
}

uptodate <- unlist(timestamps)==max(unlist(timestamps))
dummy <- unlist(DUMMY[uptodate])
save(dummy,file="uptodate.Rdata")

for（1:10中的i）{
dummy我可以回答你问题的一部分，但剩下的就留给别人吧

假设您的工作区有许多对象，在退出R之前，请保存工作区并将其重命名为.RData为work1.RData。如果您在linux上，请尝试以下重命名文件：

mv .RData work1.RData

然后打开一个新的R会话，创建任意数量的对象，并像以前一样保存。如果要将此工作区转移到其他系统，可以重命名此工作区

现在您有了两个workspace.RData二进制文件。您可以使用

load ("work1.RData")

然后，像这样检查工作区中加载的对象

 ls() 
 objects()

在这种情况下，
save.image（）
也很有用

HTH
我认为关键是将您的工作区加载到单独的环境中，然后确定如何合并它们（如果有）

首先，让我们制作一些要保存的对象

set.seed(1)
a <- data.frame(1:10, 1:10)
b <- rnorm(10)

现在清除工作区并加载工作区。但是，不要加载它们
在
.GlobalEnv
中，将它们加载到自己的环境中

rm(list=ls(all=TRUE)) # clear .GlobalEnv
w1 <- new.env()
w2 <- new.env()
load('~/tmp/ws1.RData', envir=w1)
load('~/tmp/ws2.RData', envir=w2)

> ls(w1)
[1] "a"       "b"       "d"       "updated"
> ls(w2)
[1] "a"       "b"       "d"       "e"       "updated"

> with(w1, updated)
[1] "2012-10-06 12:34:09 CDT"
> with(w2, updated)
[1] "2012-10-06 12:35:02 CDT"

> attr(w1$d, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:34:06 CDT"
> attr(w2$d, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:35:02 CDT"


您可以在
assign
周围使用自定义包装来跟踪对象的时间
已更新

myAssign <- function(x, value, ...) {
  attr(value, "updated") <- Sys.time()
  assign(x, value, ...)
}

> myAssign("b", w1$b[1:2], pos=w1)
> w1$b
[1] -0.6264538  0.1836433
attr(,"updated")
[1] "2012-10-06 12:44:55 CDT"

是的，太好了！我不知道file.info。它不适用于工作区内的对象，有没有等效的方法？如果有一种简单的方法可以为工作区中的每个文件添加后缀/前缀，这将特别有用。我想这必须在加载前单独完成？如果我能找到一个ni，也许我会再次浏览和评论ce way.“[…]有类似的方法吗？”不，我不这么认为。据我所知，对象确实有创建/修改属性。也许你可以向包含这些信息的工作区添加一个对象（例如，通过日期（）。谢谢，这与我已经做的非常相似，即在进行了足够大的更改或函数运行后，我会以增量形式保存.image（file=“myData_1.X.RData”），但大多数对象都非常相似，只需要选择一些更新、重新运行或新建的对象。我只希望ls（）在R中有更多的细节可用。如果我在3个不同的地方做了类似的事情，那么一个很好的方法来组合变化的对象并不像上面建议的那样简单。我想我应该在创建对象时写出它们，在linux信息中制作一个日期戳。我刚刚意识到，当导入保存的对象时，属性是不保留！+1其他答案没有错，但我肯定认为使用环境是实现手头目标的最干净的方式。我将通过这些例子来说明。我不知道环境。Thanks@jksl，请参见
？环境
，
？获取
，
？分配
。此外，您还可以在Environment将其转换为一个列表，您可能更习惯于使用它。
rm(list=ls(all=TRUE)) # clear .GlobalEnv
w1 <- new.env()
w2 <- new.env()
load('~/tmp/ws1.RData', envir=w1)
load('~/tmp/ws2.RData', envir=w2)

> ls(w1)
[1] "a"       "b"       "d"       "updated"
> ls(w2)
[1] "a"       "b"       "d"       "e"       "updated"

> with(w1, updated)
[1] "2012-10-06 12:34:09 CDT"
> with(w2, updated)
[1] "2012-10-06 12:35:02 CDT"

> attr(w1$d, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:34:06 CDT"
> attr(w2$d, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:35:02 CDT"

> .ls.objects(pos=w1)
              Type Size PrettySize Rows Columns
a       data.frame  872    [1] 872   10       2
b          numeric  168    [1] 168   10      NA
d       data.frame 1224   [1] 1224   10       1
updated    POSIXct  312    [1] 312    1      NA
> .ls.objects(pos=w2)
              Type Size PrettySize Rows Columns
a       data.frame  872    [1] 872   10       2
b          numeric  168    [1] 168   10      NA
d       data.frame 1224   [1] 1224   10       1
e       data.frame 1032   [1] 1032   10       2
updated    POSIXct  312    [1] 312    1      NA

myAssign <- function(x, value, ...) {
  attr(value, "updated") <- Sys.time()
  assign(x, value, ...)
}

> myAssign("b", w1$b[1:2], pos=w1)
> w1$b
[1] -0.6264538  0.1836433
attr(,"updated")
[1] "2012-10-06 12:44:55 CDT"

f <- local({
  delayedAssign('x', stop('object not found'))
  function(v) {
    if (!missing(v)) x <<- structure(v, updated=Sys.time())
    x
  }
})
makeActiveBinding('ab', f, .GlobalEnv)
> ab # Error, nothing has been assigned to it yet
Error in function (v)  : object not found
> ab <- data.frame(1:10, y=rnorm(10))
> attr(ab, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:46:53 CDT"
> ab <- data.frame(10:1, y=rnorm(10))
> attr(ab, 'updated')
[1] "2012-10-06 12:47:04 CDT"