R 查找多个/重叠匹配子字符串的索引

我有一个字符串，

s=“CCCGTGCC”

和一个子字符串

ss=“CC”

。我想获取

s

中所有开始字符串

ss

的索引。在我的示例中，我希望返回数组

c（1,2,6）

有任何字符串函数可以实现这一点吗？请注意，我的字符串的格式是

“CCCGTGCC”

，而不是

c（“c”、“c”、“c”、“G”、“T”、“G”、“c”、“c”）

---

grep

只返回字符串中是否有匹配项，而不返回字符串中匹配项的索引，除非我遗漏了什么

使用

perl=TRUE

尝试

gregexpr

，并使用带有前瞻断言的perl正则表达式（请参见

？regex

）：

---

你的意思是数组[1,2,7]（实际上是R中的一个向量）？

gregexpr

是你正在寻找的函数，但是regexp引擎“吞咽”了标记，所以“CCC”被算作一个“CC”和一个“C”，尽管一些巧妙的使用regexp可能会抵消这一点。注意，代码：substring（“abcde”，1:5）打断字符串“abcde”进入字符向量并粘贴（（子字符串（“abcde”，1:5,1:5）），collapse=“”）做opositeMeh，我被卡住了，但没有想到“向前看”。我想知道pattern=“CC”为什么不起作用…@RomanLuštrik：请参阅James对OP的评论。如果找到匹配项，它将从正在搜索的字符串的其余部分中删除。请注意，

“match.length”

为零（如果

pattern=“CC”

，则为2）。+1用于澄清有关前瞻断言的

“match.length”

的注释。我从来没有想过用这种方式。

gregexpr("(?=CC)","CCCGTGCC",perl=TRUE)
[[1]]
[1] 1 2 7
attr(,"match.length")
[1] 0 0 0