R hclust函数的聚类列表

使用

plot（hclust（dist（x）））

方法，我能够绘制一个聚类树图。它起作用了。然而，我希望得到所有集群的列表，而不是树形图，因为我有大量的数据（比如150K个节点），并且绘图变得混乱

换句话说，假设

abc

是一个簇，如果

defg

是一个簇，那么我想得到如下结果：

1 a,b,c
2 d,e,f,g

请注意，这并不是我想要的“输出”。这只是一个例子。我只是希望能够得到一个集群列表，而不是一个树形图，它可以是向量、矩阵或只是简单的数字，显示元素所属的组

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这是怎么可能的？

我将使用R中可用的数据集演示如何将一棵树切割成所需数量的片段。结果是一个表格

构造一个hclust对象

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
#plot(hc)

比方说

y<-dist(x)
clust<-hclust(y)
groups<-cutree(clust, k=3)
x<-cbind(x,groups)

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太棒了！非常感谢。这使我想到，如何可能近似参数“k”的一个好值，从而使数据中的集群数量是它应该是什么，而不是我希望它是什么？换句话说，如果我不知道数据中有多少个簇，所以我不知道需要进行多少次切割，该怎么办。这确实是我试图找到的，也就是说集群的数量和每个集群中的元素。对不起，如果我之前不清楚的话。@dave，你能知道你想把树砍到什么高度吗？如果是，请使用参数
h
（请参阅
？cutree
）。该函数将返回适当数量的组（以及叶的忠诚）。我知道，也许这就是我能做的，hclust对象具有诸如合并矩阵、高度等组件。假设a是hclust对象，我们可以使用$height访问可能的高度。因此，可以从该矩阵中选择最大高度，我可能会找出可能的集群数量。这就是我通过阅读所能找到的。这可能会有所帮助。
y<-dist(x)
clust<-hclust(y)
groups<-cutree(clust, k=3)
x<-cbind(x,groups)

x1<- subset(x, groups==1)
x2<- subset(x, groups==2)
x3<- subset(x, groups==3)