R 在分析中将行名称引用为数字（盖革包）

我试图在R中的盖革包中实现tip.disparsion函数

我的数据：

Family    Length   Wing    Tail  
Alced    2.21416 1.88129 1.66744 
Brachypt 2.36734 2.02373 2.03335 
Bucco    2.23563 1.91364 1.80675 

当我使用函数“name.check”检查数据中的名称是否与树中的名称匹配时，它返回

$data.not.tree
[1] "1" "10" "11" "12" "2" etc

表明它是按编号引用名称的。我试过转换成字符向量等

我试过用它运行

data.names=NULL

我只是想编辑我的数据框，以便包将名称与我的树中的名称相匹配（树是newick格式）

希望这更清楚

---

谢谢

我相信文档中有线索（

？检查名称

）：

如果希望程序返回包含在数据框中但不在树中的分类群名称，则需要将相应的名称指定为数据框的行名称，或在

data.names

参数中单独指定它们。请注意，数据帧的默认行名称是与行号等效的字符，这正是您在上面看到的

根据上述附加信息编辑：

R无法猜测（或不想猜测）这些名称是否包含在数据框的

系列
元素中。尝试：

check.names(traitdata,tree,data.names=as.character(traitdata$Family))

从长远来看，最好是：

rownames(traitdata) <- as.character(traitdata$Family)
traitdata <- subset(traitdata,-Family)
check.names(traitdata,tree)

您可以看到，分类单元名称作为行名称包含，而不是作为数据框本身中的列包含

PS它的界面不如StackOverflow好，但是
R-sig上有一个非常友好和活跃的R-for-phylogeny邮件列表-phylo@r-projects.org
…
想显示一段数据吗，比如说通过
head（foo）
在哪里
foo
是您的数据框？我们需要更多的上下文，请看。。。此外，对于这个列表中的其他人来说，您正在处理系统发育数据可能并不明显（尽管您提到了
geiger
包，确实得到了一些要点），并且您的“数据”可能位于系统发育树对象中（
phylo
，记录在
？ape:：read.tree
）尼克：请使用
dput
并将答案嵌入上述问题的编辑版本，而不是评论中。（如果你的树真的很大，那么你可能需要向我们展示一个子集）欢迎光临，尼克！加文建议使用
head（foo）
是有原因的。我们需要看到的不是值本身，而是数据帧的总体结构。请使用
head（foo）
或
dput（head（foo））
再试一次，并将结果放在您的问题中，而不是评论中。效果完美，正是我想要的，非常感谢！
rownames(traitdata) <- as.character(traitdata$Family)
traitdata <- subset(traitdata,-Family)
check.names(traitdata,tree)

data(geospiza)
geospiza.data