在R数据框的选定列之间进行t检验

我有一个相对简单的问题，我认为我没有正确地使用R

我有一个包含多个观察值的数据框，存储在行中，还有一堆我不想丢失的注释，在同一数据框的其他列中

我想对数据框的几列中的值进行t检验，并将结果写入（理想情况下）同一数据框

一个简单的例子是：

# Generate the data
experimentName <- paste(rep("name",20), c(1:20), sep="")
experimentAnno1 <- rep(paste(rep("anno",5), c(1:5), sep=""), 4)
a1 <- rnorm(n=20, mean=10, sd=5)
a2 <- rnorm(n=20, mean=11, sd=5)
a3 <- rnorm(n=20, mean=12, sd=5)
b1 <- rnorm(n=20, mean=20, sd=5)
b2 <- rnorm(n=20, mean=21, sd=5)
b3 <- rnorm(n=20, mean=19, sd=5)

sampledata <- cbind(experimentName, experimentAnno1, a1,a2,a3,b1,b2,b3)

这不起作用：(

我还尝试了by（）、melt（）、apply（）等的一系列组合，我认为所有这些组合在某种程度上都是错误的

我希望得到的结果是sampledata数据框中的其他列，它们是：

# pValue
p.value
# LoConf
a$conf.int[1]
# UpConf
a$conf.int[2]

等等

最有效的方法是什么

---

提前感谢！

您需要先制作

sampledata

a

data.frame

，以获取“a”和“b”列中的数值

>sampledata统计名称（stats）cbind（sampledata，stats）

可能不是最有效的方法，但这里有一种方法是建立在您最初努力的基础上的

您的示例数据：

experimentName <- paste(rep("name",20), c(1:20), sep="")
experimentAnno1 <- rep(paste(rep("anno",5), c(1:5), sep=""), 4)
a1 <- rnorm(n=20, mean=10, sd=5)
a2 <- rnorm(n=20, mean=11, sd=5)
a3 <- rnorm(n=20, mean=12, sd=5)
b1 <- rnorm(n=20, mean=20, sd=5)
b2 <- rnorm(n=20, mean=21, sd=5)
b3 <- rnorm(n=20, mean=19, sd=5)

看起来你们的目标是在每一行中，测试a1，a2，a3的集合，和b1，b2，b3的集合

下面是一些获得这些值的

lappy

函数：

sampledata$pvalue <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$p.value)

sampledata$LoConf <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$conf.int[1])

sampledata$UpConf <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$conf.int[2])

---

sampledata$pvalue+1这比我的效率更高，打字更少！但是你从哪里得到
测试呢？
> stats <- as.data.frame(do.call(rbind, lapply(1:nrow(sampledata), function(i){
    as.numeric(unlist(t.test(sampledata[i, 3:5], sampledata[i, 6:8]))[1:5])
    })))
> names(stats) <- c("t.stat", "param.df", "p.val", "ci.left", "ci.right")
> cbind(sampledata, stats)

experimentName <- paste(rep("name",20), c(1:20), sep="")
experimentAnno1 <- rep(paste(rep("anno",5), c(1:5), sep=""), 4)
a1 <- rnorm(n=20, mean=10, sd=5)
a2 <- rnorm(n=20, mean=11, sd=5)
a3 <- rnorm(n=20, mean=12, sd=5)
b1 <- rnorm(n=20, mean=20, sd=5)
b2 <- rnorm(n=20, mean=21, sd=5)
b3 <- rnorm(n=20, mean=19, sd=5)

# sampledata <- cbind(experimentName, experimentAnno1, a1,a2,a3,b1,b2,b3)
sampledata <- data.frame(experimentName, experimentAnno1, a1,a2,a3,b1,b2,b3)

sampledata$pvalue <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$p.value)

sampledata$LoConf <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$conf.int[1])

sampledata$UpConf <- sapply(1:nrow(sampledata), function(i) t.test(sampledata[i,c("a1", "a2", "a3")], sampledata[i,c("b1", "b2", "b3")])$conf.int[2])