作为脚本运行时validObject（.Object）中出现R错误，但不在控制台中

以下代码在R控制台（R 3.3.0）中运行良好：

我可以将其放入脚本中，并在R控制台中运行良好，如下所示：

source("test.R")

但是，当我将其作为

Rscript--vanilla test.R

或

Rscript test.R

执行时，我得到一个错误：

Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “dgTMatrix” object: Not a valid 'Mnumeric' class object
Calls: <Anonymous> -> new -> initialize -> initialize -> validObject
Execution halted

validObject（.Object）中的

错误：
无效的类“dgTMatrix”对象：不是有效的“Mnumeric”类对象
调用：->新建->初始化->初始化->有效对象
停止执行

---

我不知道这是否与特定功能有关。我猜这与Rscript的工作方式有关，但我以前在其他各种库和函数中使用过它，从未见过类似的情况。知道发生了什么吗？

我可以确认。。。运行包含对

glmnet（）

的调用的脚本时，我遇到了完全相同的错误。我可以追溯到glmnet所依赖的矩阵包

我将我的R版本从v3.3.3->v3.3.2重新修订，错误消失了。然后我检查了两者之间的

sessionInfo（）

，发现

Matrix

包的版本不同。。。它是1.2-8（在v3.3.3中）和1.2-7.1（在v3.3.2中）。为了确认这一点，我简单地将Matrix（7.1）的“OK”版本替换为“Breaked”版本，并返回错误

我还可以确认，通过

library（methods）

显式加载methods包可以解决错误（不知何故？），这解释了控制台调用和来自命令行的Rscript调用之间的不同行为

因此，我们似乎有两个解决办法：

库（方法）

将矩阵的版本重新调整为1.2-7.1 两者都不是超令人满意的。。。我只是想知道矩阵1.2-8到底发生了什么。也许在下一个版本中它会被修复

如果您感兴趣，这是我的

sessionInfo（）

：

哦，天哪。 我很确定（不是100%！）这个问题不应该出现在新版本的R和Matrix中。 尽管如此，我还是认为这不是一个正确意义上的矩阵bug，而是一个“Rscript”与“R”bug——正如@Stu Field已经提到的<默认情况下，code>Rscript不会将

methods

包附加到

search（）

路径，但常规R会附加

OTOH，

R CMD check Matrix

现在应该尝试在搜索路径中没有方法包的情况下运行Matrix，因此Matrix 1.2-9和更新版本不应该出现问题，也就是说，默认情况下，从R 3.4.0和更新版本开始，或者如果您有旧版本的R，则更新“Matrix”包

再一次：您能确认问题在R3.4.0中已经解决了吗（它附带了矩阵1.2-9）

下面是一个更有用的示例脚本，我称之为

Rscript tst.R

。 作为

或者（就像我自己安装了很多R版本）类似的东西

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

Rscript tst.R

：

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ...
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))
packageDescription("Matrix")
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search()
str(Matrix::readMM)
sessionInfo()
x <- Matrix::readMM(m)
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)

---

options（echo=TRUE）#我无法复制这个。您确定您正在运行的R与您正在运行的Rscript版本绑定吗？可能尝试将
库（方法）
添加到脚本中，因为默认情况下Rscript不会加载该库。绝对是R和Rscript的相同版本（相同的
bin
和相同的
--版本
）。添加
库（方法）
有效。发生了什么事？我还使用了矩阵1.2-8，所以现在更有意义了。我仍然不知道为什么使用Rscript执行会产生不同。这会产生不同，因为当您通过
Rscript
命令“踢”脚本时，不会附加
methods
，而是在标准R启动时加载。这些环境很接近，但并不完全相同（我以前曾假设过！）。比较：
Rscript--vanilla-e“sessionInfo（）”
到
R--vanilla（启动R会话）
sessionInfo（）
方法包附在后者中，而不是前者。感谢澄清！我不知道。我很惊讶
方法
没有被任何其他包加载。我最初遇到这个问题，甚至在加载了几个包之后。这对我来说也是新闻。吸取的教训。然而，它仍然不能回答矩阵_1.2-8中的变化。这仍然是个谜。在发布bug修复之前，至少还有一个解决方案。
Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout 2>&1

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ...
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))
packageDescription("Matrix")
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search()
str(Matrix::readMM)
sessionInfo()
x <- Matrix::readMM(m)
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)