R 如何绘制3组比例维恩/欧拉图?

R 如何绘制3组比例维恩/欧拉图?,r,plot,venn-diagram,R,Plot,Venn Diagram,我有一组微阵列数据,我想根据附图来表示它(用PowerPoint完成)。我已经尝试了R可用的各种软件包(Venniagram、venneuler、limma)。但是,我无法按比例绘制数据或显示值 有人知道怎么做吗 可以在下面找到要玩的代码 谢谢大家! # you might need these: source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("limma") library(VennDiagram) library(limm

我有一组微阵列数据,我想根据附图来表示它(用PowerPoint完成)。我已经尝试了R可用的各种软件包(Venniagram、venneuler、limma)。但是,我无法按比例绘制数据或显示值

有人知道怎么做吗

可以在下面找到要玩的代码

谢谢大家!

# you might need these:
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
library(VennDiagram)
library(limma)
library(venneuler)

# Trial 1: Kind of proportional but difficult to customize for labels and other stuff
su <- venneuler(c(A=162, B=104, C=86, "A&B"=206, "A&C"=112, "B&C"=90 ,"A&B&C"=2433))
plot(su)

# Trial 2: looks nice but not proportional
hw <- c(F,F,F,F,T,T,T,T)
hm <- c(F,F,T,T,F,F,T,T)
hr <- c(F,T,F,T,F,T,F,T)
c4 <- cbind(hw,hm,hr)
e <- vennCounts(c4)
e[1:8,4] <- c(3193,86,104,90,162,112,206,2433)
vennDiagram(e)
#您可能需要这些:
来源(“http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
生物晶石(“limma”)
图书馆(文迪格拉姆)
图书馆(林玛)
图书馆(文诺勒)
#试验1:某种比例,但很难为标签和其他东西定制

su我推荐Venniagram包装:

在pake 19上,你会发现10个非常好的例子(包括高级和简化的例子)。到目前为止,我还没有发现任何它不能做的事情,我需要它去做


作为对其他在此结束讨论此问题的人的一般帮助(与此问题不直接相关,但相关),我建议使用我的
nvenr
软件包查找您的答案,这可以通过两种方式完成,如中所示。在这个例子中

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c('A', 'B', 'C'), sSizes = c(0, 86, 104, 90, 162, 112, 206, 2433))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV)
>库(nVennR)

>myV myV我认为维恩图从来没有打算显示成比例的面积。无论如何,读者几乎不可能以有意义的方式解释重叠的相对区域。如果可以,你一开始就不需要这些数字了。我的建议是退一步,想想你想要传达的主要信息,然后调整(必要时用手)图形以突出显示该信息--是的,Ed Tufte是我的预言家:-)我认为在某些情况下使用比例是有帮助的,虽然不是全部。venneuler的
文档非常糟糕,但是你可以用
su$labels=c(“Foo”、“Bar”、“Baz”)
,用
su$colors=c(0.1,0.44,0.3)
等修改标签。然而,我认为不可能用圆画出三组的比例维恩图。只有六个参数(三个半径和连接圆心的三角形的三条边),它们试图表示七个不同的区域。但是,对于其他形状,例如椭圆,可能(?)是可能的。我发现了,但对我来说效果很差。