R lm（）-函数在SolusOS Linux上给出的结果与在Windows上不同

我运行的是

SolusOS

Linux发行版（4.0，r3.6.1）和Windows（windows10，r3.5.2）

我的代码：

library(datasets)
fit2 <- lm(Sepal.Length~Sepal.Width+Species, data=iris)
summary(fit2)

在SolusOS-Linux上

                    Estimate Std. Error    t value     Pr(>|t|)
(Intercept)       -1.1562296  2.5541337 -0.4526895 6.514443e-01
Sepal.Width       -0.3158123  0.5572782 -0.5667049 5.717849e-01
Speciesversicolor 11.5719475  1.7693108  6.5403701 9.670731e-10
Speciesvirginica  11.6048354  1.7750914  6.5375987 9.810282e-10

请确认Windows上的结果是正确的。 检查数据，数据相同；如果lm（）-函数中的默认值发生了更改，则检查了文档，未发现任何更改。机器（如某些地方提到的）有一个区别：$sizeof.long=8（Linux）和4（Windows）——我认为这不重要。 谷歌搜索了一个小时，但没有找到任何与此相关的信息

有什么想法吗

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编辑：我在这两个版本上都使用了Rstudio，Linux版本是99.9.9（奇怪；尽管软件中心给出了1.2.1335；Windows 1.2.5001），所以我在R-terminal中运行了代码，结果仍然是一样的。

评论有点笨拙，所以这里有一个总结和一些进一步的建议

要重新迭代，请确保

你从一个新的R终端开始

您的全局环境中没有对象（例如，从加载本地

.Rprofile

）；要调试这种情况，理想情况下，

.Rprofile

应该为空；及

您没有恢复以前的R会话

如果您执行了上述操作，

ls（）

不应该返回任何内容，像

lm

这样的函数应该引用基本的R函数

如果仍然得到不同的结果，可以尝试手动计算OLS估计值

X <- model.matrix(Sepal.Length ~ Sepal.Width + as.factor(Species), data = iris)
y <- with(iris, Sepal.Length)
R <- t(X) %*% X
solve(R) %*% t(X) %*% y
#                                  [,1]
#(Intercept)                  2.2513932
#Sepal.Width                  0.8035609
#as.factor(Species)versicolor 1.4587431
#as.factor(Species)virginica  1.9468166

如果结果不同，我建议逐步进行手动OLS估算计算，并比较两台机器上的

X

和

R

对象

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更新 我已经在虚拟机中安装了Solus（Budgie）4.0坚韧，并且

lm

给出了正确的结果

coef（lm（萼片长~萼片宽+种，数据=鸢尾））
#（截距）萼片宽种杂色种弗吉尼亚种
#  2.2513932         0.8035609         1.4587431         1.9468166

涉及操作系统的详细信息

uname-r
#5.3.10-134.当前

gcc-版本|头-n1
#gcc（Solus）9.2.0

inxi-Fz
#系统：主机：solus内核：5.3.10-134。当前x86_64位：64桌面：Budge 10.5.1发行版：solus 4.0
#机器：类型：Virtualbox系统：innotek产品：Virtualbox v:1.2系列：
#Mobo:Oracle型号：VirtualBox v:1.2系列：BIOS:innotek v:VirtualBox日期：12/01/2006
#CPU:拓扑：单核型号：英特尔Core i5-6600位：64类型：MCP二级缓存：6144千字节
#速度：3312 MHz最小/最大：不适用核心速度（MHz）：1:3312
#图形：Device-1:VMware SVGA II适配器驱动程序：vmwgfx v:2.15.0.0
#显示：x11服务器：X.Org 1.20.5驱动程序：vmware卸载：fbdev，模式设置，vesa分辨率：2560x1440~60Hz
#OpenGL：渲染器：llvmpipe（LLVM 9.0 256位）v:3.3 Mesa 19.2.5
#音频：设备1:Intel 82801AA AC97音频驱动程序：snd_intel8x0
#声音服务器：ALSA v:k5.3.10-134.1当前
#网络：设备1:Intel 82540EM千兆以太网驱动程序：e1000
#IF:enp0s3状态：提升速度：1000 Mbps双工：完整mac:
#Device-2:Intel 82371AB/EB/MB PIIX4 ACPI类型：网桥驱动程序：PIIX4_smbus
#驱动器：本地存储：总计：40.00 GiB使用：7.33 GiB（18.3%）
#ID-1:/dev/sda供应商：VirtualBox型号：VBOX硬盘大小：40.00 GiB
#分区：ID-1:/size:18.36 GiB已使用：7.25 GiB（39.5%）fs:ext4 dev:/dev/dm-1
#ID-2:/boot size:269.0使用的MiB:83.7 MiB（31.1%）fs:ext4 dev:/dev/sda1
#ID-3:swap-1大小：956.0使用的MiB:0千字节（0.0%）fs:swap-dev:/dev/dm-0
#传感器：消息：未找到传感器数据。是否配置了传感器？
#信息：进程：159正常运行时间：21h 57m内存：3.84 GiB使用：579.1 MiB（14.7%）#Shell:bash inxi:3.0.36

我今天在SolusOS论坛上发了帖子，有人指着我。同样的问题也可能影响aov功能，可能与操作系统有关（有人报告说Ubuntu也有问题）

无论如何，谢谢你的帮助和努力！ （如果可行，我将发布解决方案）

更新日期：1月8日20 （从我的dev.getsol.us论坛帖子中复制）

这个问题似乎是由OpenBLAS库libopenblas_Haswell p-r0.3.2.so引起的。我决定删除一个指向该库（/usr/lib64/haswell/libopenblas.so.0）的符号链接，该库恢复为使用/usr/lib64/libopenblas_core2p-r0.3.2.so。现在我从参考计算中得到了正确的结果

当然，我不知道为什么使用libopenblas_haswell p-r0.3.2.so会产生不正确的结果，但它似乎是我系统的罪魁祸首

更新日期：2月25日20

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Solus已经更新了OpenBlas包，现在库是/usr/lib64/haswell/libopenblas_haswell-r0.3.7.so；它在我的参考计算中给出了正确的结果。

您能验证一下它们在

摘要（iris）

中返回的结果是否相同吗？。。。并确保

fit

和

fit2

摘要（iris）中没有混淆。我使用传输到Linux的Windows虹膜数据以及R脚本进行了测试。其他一些数据（dataset:：usarrest）在Linux上也给出了错误的结果；请在R重新启动时运行

ls（）

，这一定是某种命名冲突。事实上，Windows的结果是正确的。您能否绝对确保（1）您从一个新的R终端开始，（2）您的全局环境中没有变量/对象，例如加载

.Rprofile

，以及（3）您没有恢复以前的R会话。1）我使用“--vanilla”标志启动R。2） 我找到的唯一Rprofile文件位于/usr/lib64/R/library/R/base中。如果我将该文件擦干净，R将不会启动。3） AFAIK上一届会议未出席。ls（）给出字符（0）。我比较了两个代码的结果，是的，它们是不同的；后者给出了错误的结果。lm功能指向“环境”

X <- model.matrix(Sepal.Length ~ Sepal.Width + as.factor(Species), data = iris)
y <- with(iris, Sepal.Length)
R <- t(X) %*% X
solve(R) %*% t(X) %*% y
#                                  [,1]
#(Intercept)                  2.2513932
#Sepal.Width                  0.8035609
#as.factor(Species)versicolor 1.4587431
#as.factor(Species)virginica  1.9468166

coef(lm(Sepal.Length ~ Sepal.Width + Species, data = iris))
#(Intercept)       Sepal.Width Speciesversicolor  Speciesvirginica
#  2.2513932         0.8035609         1.4587431         1.9468166