R:DGEList（计数、组）中出错：'；库大小'；必须是数字

我们的教授给了我们通用的示例代码，我们必须修改这些代码以适应我们的个人数据集。如果有帮助的话，我正在使用地理数据库中的GSE117588。下面是给我带来麻烦的一行代码：

group <- c(rep("G1",3), rep("G2",3))
counts <- data1
cds <- DGEList( counts , group)
names(cds)

head(cds$counts) # original count matrix
cds$samples # contains a summary of your samples
sum(cds$all.zeros) # How many genes have 0 counts across all samples 

cds <- calcNormFactors(cds, method="upperquartile")
cds$samples

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group我之前遇到过同样的问题，并且意识到当您在DGEList之前运行calcNormFactors时，请确保在对象的计数表上运行它（在您的案例计数中），然后应该解决它

工作示例：

library(SummarizedExperiment)

#simulate data1 
set.seed(123) 
data1 = data.frame(G1A = rnorm(10,3,2), G1B = rnorm(10,4,2), G1C = rnorm(10,3,2), G2A = rnorm(10,2,2), G2B = rnorm(10,3,2),G2C = rnorm(10,3,3))
data1 = data1+10 #to make whole df positive

group <- c(rep("G1",3), rep("G2",3))

nF = calcNormFactors(data1) 
dge0 = DGEList(counts = data1, group = group, norm.factors = nF)

库（摘要实验）
#模拟数据1
种子集（123）
data1=data.frame（G1A=rnorm（10,3,2），G1B=rnorm（10,4,2），G1C=rnorm（10,3,2），G2A=rnorm（10,2,2），G2B=rnorm（10,3,2），G2C=rnorm（10,3,3））
数据1=数据1+10#使整个df为正
我在一个生物信息学论坛上看到的组，这可以通过在输入file.choose（）时添加row.names=1来解决，但是在更改后，我仍然收到错误消息，并且R似乎仍然无法处理geneID的SCD
dge0 = DGEList(counts = data1, group = group)
nF = calcNormFactors(dge0$counts)

# slot the normFactors back into dge0 object
dge0$samples[,"norm.factors"] <- nF