安装新版本R的无痛方法？

（在Windows上可能比Linux更相关）。从安装软件到复制所有设置/软件包，有人有好的升级技巧吗

这个建议包含在评论中，这是我最近一直在使用的。首先安装新版本，然后在旧版本中运行：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

两个快速建议：

使用Gabor工具，据说这些工具包括有助于批量库重新定位的工具。警告：我没有用过

不要在已安装的R版本的“文件树”中安装库。在Windows上，我可以将R放入C:/opt/R/R-$version，但使用以下代码片段将所有库放入C:/opt/R/library/中，因为它首先可以缓解问题：

---

如果您的软件包不是来自CRAN，则上述建议的方法将不会完全起作用。例如，个人软件包或从非CRAN站点下载的软件包

我在Windows上的首选方法（将2.10.1升级到2.11.0）：

安装R-2.11.0

将

R-2.10.0/library/*

复制到

R-2.11.0/library/

如果提示您是否可以覆盖，请回答“否”

启动R2.11.0

运行R命令

update.packages（）

---

按照Dirk的建议，下面是一些在windows上执行此操作的R代码：

---

更新（15.04.11）：我写了另一篇关于这个主题的文章，解释了如何处理常见的问题。为了完整起见，有一些方法可以防止你出现这个问题。正如德克所说，将您的包保存在计算机上的另一个目录中

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

也可以使用函数

.libpath

更改默认的

.Library

值

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这将把此路径作为

.Library

变量的第一个值，并将其设为默认值

如果希望进一步自动化此操作，可以在Rprofile.site文件中指定此操作，该文件位于R构建的/etc/目录中。然后每次R加载时它都会自动加载，你不必再担心了。您只需从指定目录安装和加载软件包即可

最后，我的Rprofile.site中包含了一些小代码，允许我在安装新的R版本时重新安装所有软件包。在更新到新的R版本之前，只需将它们列出即可。我使用一个包含所有包的更新列表的.RData文件来实现这一点

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

当我安装新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，所有软件包都会重新安装。无论如何，我必须调整Rprofile.site（使用总和对比，为Tinn-R添加额外的代码，诸如此类），所以这不是真正的额外工作。重新安装所有软件包需要额外的时间

这最后一点相当于原始问题中给出的解决方案。我只是不需要担心先得到“已安装”列表

同样，如果您的软件包不是从CRAN安装的，那么这也不是完美的。但此代码也可以轻松扩展以包括这些代码。

两个选项：

实现我的答案

如果在Eclipse和StatET下使用R，请打开运行配置，单击Console选项卡，并在名为R snippet启动后运行的框中添加这一行，并选择目录：

.libpath（“C:/R/library”）

---

如果你有远见的话，这个被接受的答案可能会奏效，但我已经摆脱了旧版本，所以无法遵循这些方向。 下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级OSX

更新：要获取最新版本的目录（而不是键入3.1或3.2），可以使用以下命令。第二个变量直接转换为R变量，跳过

和

。

和

。DS_Store

，使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

（将

|pbcopy

添加到末尾，将其直接复制到Mac剪贴板）

然后在R中，您可以粘贴生成的变量。一旦在新版本的R中定义了这一点，您就可以按照上面的说明遍历已安装的包

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

---

如果您使用的是Windows，则可能需要使用installr软件包：

install.packages（“installr”）
需要（安装程序）
更新程序（）

最好的方法是使用RGui系统。您的所有软件包将被转移到新文件夹，旧的软件包将被删除或保存（您可以选择其中一个）。 然后，一旦再次打开RStudio，它会立即识别出您正在使用更新的版本。对我来说，这很有魅力

.

对我来说，这一页很好 或 另一个选择是只安装新的选项，并在最后你把，例如在windows在我的电脑

.1（c）( “D:/Documents/R/win library/3.2”， “C:/程序文件/R/R-3.2.3/库”， “C:/程序文件/R/R-3.2.0/库”， “D:/Documents/R/win library/2.15” )

最后一个版本的每个路径在我的例子中，我总是把第一个路径放在“D:/Documents/R/win library/3.2”中，这是固定的

---

然后我放了另一个，因为您不需要复制或移动任何软件包，在我的建议中称之为

关于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本，那么运行旧版本的R可能并不容易。在这种情况下，您仍然可以重新安装以前的R版本中丢失的所有软件包接着

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

#获取以前R版本中的包名称
old.packages我在Windows 8上，出于某种奇怪的原因，我无法使用我的internet连接安装软件包

我通常使用CRAN中的.zip文件安装它

在我从R3.2.5升级到R3.3.1之后

我只是简单地复制了

C:\Path\to\packa\R\win library\3.2
to
C:\Path\to\packa\R\win library\3.3

然后我重新启动了R会话。工作得很好。
我还没见过他
OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade
sudo apt install --yes libappstream4 curl
### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed)
ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base |
    grep 'meta name=\"Keywords\"' |
    grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1
## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin
## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do
command -v 'R --version' &&
    lv1=$(R --version |
              grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' |
              ## || = otherwise
              head -1) ||
        lv1=0
## 'lt' = less than
if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" 
then ## declare -a = indexed array
     declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended')
     for i in "${deb1[@]}"
     do sudo apt install --yes "$i"
     done
fi
### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first
sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \
     libssl-dev liblapack-dev libssl-dev
declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2')
## installing as 'root' so these are installed in
Rscript -e ".libPaths()[1]"
for i in "${pkg1[@]}"
do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)"
done
### other useful additions
sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \
     jags pandoc pandoc-citeproc 
sudo apt update && sudo apt full-upgrade

install.packages("ropenblas")
ropenblas::rcompiler()