R中出错-列数超过列名

我试图读取一个有5列标题的文件，但是在第5列中，我有一个以逗号分隔的基因列表

EC2 <- read.table("david.txt",  header=TRUE)

我觉得答案可能很简单。有什么想法吗

以下是前3行：

Category ID Term PValue Genes
BP GO: 0006412 translation 2.711930356491234E-10 P0A7U3, P0A7K6, P68191, P0A7Q1, P0A7U7, P02359, P02358, P60438, P0A7L0, P0A7L3, P0A7L8, P0A7T3, P0A8A8, P69441, P0A8N5, P0A8N3, P02413, P0A7T7, P0AG63, P0A7D1, P0AA10 , P0ADY3, P0AG67, P0A7M2, P0A898, P0A9W3, P0A7M6, P0A7X3, P0AAR3, P0A7S3, P0A7S9, P0ADY7, P62399, P60624, P32132, P0ADZ4, P60723, P0C0U4, P0AG51, P0ADZ0, P0A7N9, P0A7J3, P0A7W7, P0AG59, P68679, P0C018 , P0A7R1, P0A7N4, P0A7R5, P0A7R9, P0AG44, P68919, P61175, P0A6K3, P0A7V0, P0A7M9, P0A7K2, P0A7V3, P0AG48
BP GO: 0051301 cell division 1.4011247561051483E-7 P0AC30, P17952, P75949, P0A6H1, P06966, P0A9R7, P64612, P36548, P60472, P45955, P0A855, P06136, P0A850, P6246, P0246, P024 P22523, P08373, P11880, P0AFB1, P60293, P18196, P0ABG4, P07026, P0A749, P29131, P0A6S5, P26648, P17443, P0ADS2, P0A8P6, P0A8P8, P0A6, P0A6A7, P0A8P8, P0A6, P0A6A7, P0A6, P0A6A7 P46889, P0A6F9, P0AE60, P0AD68, P19934, P0ABU9, P37773

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看起来您真正的分隔符字符是空格而不是逗号。尝试设置

sep=”“

。但是还是会有一个问题，因为基因列表的中间也有一个空格。你的细胞应该被引用，因为它们里面有空格，否则它们将被视为不同的列而不是一列。也许你最好的选择是逐行读取，并用代码将5列分开。到处都有空格，创建此文件的人不应使用空格作为分隔符。是的，也存在相同的问题。请返回创建此文件的人，让他们引用文本或使用其他分隔符。您的实际分隔符似乎是空格而不是逗号。尝试设置

sep=”“

。但是还是会有一个问题，因为基因列表的中间也有一个空格。你的细胞应该被引用，因为它们里面有空格，否则它们将被视为不同的列而不是一列。也许你最好的选择是逐行读取，并用代码将5列分开。到处都有空格，创建此文件的人不应使用空格作为分隔符。是的，也存在相同的问题。请返回创建此文件的人，要求他们引用文本或使用其他分隔符。

Category ID Term PValue Genes
BP GO: 0006412 translation 2.711930356491234E-10 P0A7U3, P0A7K6, P68191, P0A7Q1, P0A7U7, P02359, P02358, P60438, P0A7L0, P0A7L3, P0A7L8, P0A7T3, P0A8A8, P69441, P0A8N5, P0A8N3, P02413, P0A7T7, P0AG63, P0A7D1, P0AA10 , P0ADY3, P0AG67, P0A7M2, P0A898, P0A9W3, P0A7M6, P0A7X3, P0AAR3, P0A7S3, P0A7S9, P0ADY7, P62399, P60624, P32132, P0ADZ4, P60723, P0C0U4, P0AG51, P0ADZ0, P0A7N9, P0A7J3, P0A7W7, P0AG59, P68679, P0C018 , P0A7R1, P0A7N4, P0A7R5, P0A7R9, P0AG44, P68919, P61175, P0A6K3, P0A7V0, P0A7M9, P0A7K2, P0A7V3, P0AG48
BP GO: 0051301 cell division 1.4011247561051483E-7 P0AC30, P17952, P75949, P0A6H1, P06966, P0A9R7, P64612, P36548, P60472, P45955, P0A855, P06136, P0A850, P6246, P0246, P024 P22523, P08373, P11880, P0AFB1, P60293, P18196, P0ABG4, P07026, P0A749, P29131, P0A6S5, P26648, P17443, P0ADS2, P0A8P6, P0A8P8, P0A6, P0A6A7, P0A8P8, P0A6, P0A6A7, P0A6, P0A6A7 P46889, P0A6F9, P0AE60, P0AD68, P19934, P0ABU9, P37773