R：将值与系统发育中的提示相关联

我有一个系统发育和一些数据（特征值）。我使用

caper

中的

ace

为所有节点重建了特征值

我在

ape

中使用

makeNodeLabel

将重建的特征值与其相应的节点相关联

我想做的是从R导出一个nexus文件（phylogeny），其中包含节点值（重新构造的值）和提示标签（经验数据）

我想用颜色代码（在FigTree中）来表示值，但现在我只能用节点来表示，即tip分支没有数据，因此不能“颜色编码”

为了做到这一点，我需要将值与提示关联起来，但我还没有弄清楚如何做到这一点。我还需要所有与系统发育相关联的数据都属于“类似类别”，例如，类似于nexus文件中如何编码

*BEAST

中的θ值

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非常感谢所有帮助。

我找到了一个解决方法：

从R导出一棵树（nexus格式），其中包含与节点关联的重构特征。在FigTree中打开并将“标签”特性定义为“特性”。从文本文件导入提示注释，该文本文件在标题为“trait”的列中包含经验数据。然后将树从FigTree导出到带有nexus块和包含注释的新文件。最后，从nexus文件（动物/生物体[&Trait=2.35754]）中的名称块复制名称，并与编码树中的名称交换名称。然后，您将通过[&trait=value]对节点和提示的特征值进行编码。现在，您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育尖端相关的经验值

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苏欧，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方法，我很乐意听听。

我找到了一个解决办法：

从R导出一棵树（nexus格式），其中包含与节点关联的重构特征。在FigTree中打开并将“标签”特性定义为“特性”。从文本文件导入提示注释，该文本文件在标题为“trait”的列中包含经验数据。然后将树从FigTree导出到带有nexus块和包含注释的新文件。最后，从nexus文件（动物/生物体[&Trait=2.35754]）中的名称块复制名称，并与编码树中的名称交换名称。然后，您将通过[&trait=value]对节点和提示的特征值进行编码。现在，您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育尖端相关的经验值

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苏欧，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方法，我很乐意听到。

您可以在R中尝试“phytools”软件包。可以执行函数“plotTree.wbar”。致以最良好的祝愿。

您可以在R中尝试使用“phytools”软件包。可以执行“plotTree.wbar”功能。祝福。

我找到了解决办法：我找到了解决办法：