使用具有多个数据帧列的plyr和cor

我想使用带有cor的

ddply

（package plyr）来计算皮尔逊相关系数除以一个因子（“Plot”）。当列作为列名传递给cor时，我可以成功地做到这一点，但当通过列编号传递时，我就不能做到这一点

日期框架：

     head(chlor2013.df)

  Plot  X645  X665 Chlorophyll
1    1 0.019 0.054      0.3647
2    1 0.061 0.170      1.1588
3    1 0.021 0.054      0.3827
4    2 0.033 0.092      0.6270
5    2 0.055 0.148      1.0259
6    2 0.018 0.045      0.3234

使用

ddply

和

cor

，以及数据框的列名：

ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(X645,X665, use="complete.obs"))

    Plot cor.v2.v3
1    1 0.9610698
2    2 0.9261662
3    3 0.9191197
4    4 0.9104561
5    5 0.9541877
6    6 0.8750801
7    7 0.9949413

ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(chlor2013.df[2:3], 
use="complete.obs"))

Plot cor.v2.v3.1 cor.v2.v3.2
1     1   1.0000000   0.9698445
2     1   0.9698445   1.0000000
3     2   1.0000000   0.9698445
4     2   0.9698445   1.0000000
5     3   1.0000000   0.9698445
6     3   0.9698445   1.0000000
7     4   1.0000000   0.9698445
8     4   0.9698445   1.0000000
9     5   1.0000000   0.9698445
10    5   0.9698445   1.0000000
11    6   1.0000000   0.9698445
12    6   0.9698445   1.0000000
13    7   1.0000000   0.9698445

请注意，每行显示一个唯一的相关性值。以上就是我想要的

使用

ddply

和

cor

，以及数据帧的列号：

ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(X645,X665, use="complete.obs"))

    Plot cor.v2.v3
1    1 0.9610698
2    2 0.9261662
3    3 0.9191197
4    4 0.9104561
5    5 0.9541877
6    6 0.8750801
7    7 0.9949413

ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(chlor2013.df[2:3], 
use="complete.obs"))

Plot cor.v2.v3.1 cor.v2.v3.2
1     1   1.0000000   0.9698445
2     1   0.9698445   1.0000000
3     2   1.0000000   0.9698445
4     2   0.9698445   1.0000000
5     3   1.0000000   0.9698445
6     3   0.9698445   1.0000000
7     4   1.0000000   0.9698445
8     4   0.9698445   1.0000000
9     5   1.0000000   0.9698445
10    5   0.9698445   1.0000000
11    6   1.0000000   0.9698445
12    6   0.9698445   1.0000000
13    7   1.0000000   0.9698445

现在，所有的r值都是相同的，表示两列之间的相关性，而不是按因子拆分。因此，列号语法的工作原理与列名语法不同。我错过了什么

最后，我想计算所有三个变量的相关矩阵：X645、X665和叶绿素，按图分割

---

谢谢

您需要使用匿名函数引用'chlor2013.df'的每个子集。在您最初的尝试中，每个“绘图”级别的所有计算都使用了相同的数据集，

chlor2013.df[2:3]

。还请注意，

cor（df[2:3]）

与

cor（df[2]，df[3]）

不同（与第一次调用相比：

cor（X645，X665

）

更新以下评论
在上面的例子中，cor输入了两个数字向量“X645”和“X665”。您也可以使用数字矩阵或数据帧作为输入来创建“多元样本的相关矩阵”（请参见

？cor

，例如

cor（longley）

）

---

这可以计算两列的r，但为什么不能计算两列以上的r呢？