如何调用R中包含逗号的函数？

在R中使用S3或S4类时，通常会将一个类设置为generic

my\u generic

，然后为每个子类型

my\u generic.my\u type

使用点。最近，我看到了这种模式，但使用逗号代替句点

my\u generic，my\u type

。问题是我不能使用帮助操作符

？

，也不能在控制台中输入函数名，因为逗号被视为错误。有解决办法吗？我试过用反勾，但不起作用

例如，

ComplexHeatmap

包中的

draw

方法：

methods(draw)
[1] draw.colorkey             draw.details       draw,HeatmapAnnotation-method 
[4] draw,HeatmapList-method draw,Heatmap-method      draw.key                      
draw,SingleAnnotation-method

---

做

？draw.colorkey

可以工作，但

？draw，Heatmap Annotation方法

不行。

首先，直接调用方法是非常糟糕的做法，尤其是对于S4。您看到的“带逗号的函数”实际上是S4方法

帮助页 要查找帮助页（如果存在），可以使用以下引号：

?"draw,Heatmap-method"

但成功并不是保证。这在很大程度上取决于包的作者是否有单独的方法帮助文件，或者是否使用了正确的别名。在本例中，您可以看到，在帮助页面

？draw

上，软件包的作者添加了两个指向特定方法的链接

查找所有S4方法 要了解所有S4方法，请使用

showMethods

而不是

methods

> library(ComplexHeatmap)
> showMethods("draw")
Function: draw (package ComplexHeatmap)
object="Heatmap"
object="HeatmapAnnotation"
object="HeatmapList"
object="SingleAnnotation"

请参阅方法的内部代码 要获取实际方法以便查看内部代码，请使用

getMethod

：

getMethod(draw, signature = "Heatmap")
Method Definition:

function (object, ...) 
{...
    }
    .local(object, ...)
}
<environment: namespace:ComplexHeatmap>

Signatures:
        object   
target  "Heatmap"
defined "Heatmap"

---

因此，您最好使用泛型函数，让分派完成它的工作。

首先，直接调用方法是非常糟糕的做法，尤其是对于S4。您看到的“带逗号的函数”实际上是S4方法

帮助页 要查找帮助页（如果存在），可以使用以下引号：

?"draw,Heatmap-method"

但成功并不是保证。这在很大程度上取决于包的作者是否有单独的方法帮助文件，或者是否使用了正确的别名。在本例中，您可以看到，在帮助页面

？draw

上，软件包的作者添加了两个指向特定方法的链接

查找所有S4方法 要了解所有S4方法，请使用

showMethods

而不是

methods

> library(ComplexHeatmap)
> showMethods("draw")
Function: draw (package ComplexHeatmap)
object="Heatmap"
object="HeatmapAnnotation"
object="HeatmapList"
object="SingleAnnotation"

请参阅方法的内部代码 要获取实际方法以便查看内部代码，请使用

getMethod

：

getMethod(draw, signature = "Heatmap")
Method Definition:

function (object, ...) 
{...
    }
    .local(object, ...)
}
<environment: namespace:ComplexHeatmap>

Signatures:
        object   
target  "Heatmap"
defined "Heatmap"

---

因此，您最好使用泛型函数，让调度完成它的工作。

可能是

？“draw，Heatmap Annotation method”

。那么

do.call（）呢？文档说它应该和函数名一起工作。而且
help（）
也可以处理字符串。@lmo谢谢！这很有效。但是，有没有一种方法可以访问函数代码，就像我在没有括号的情况下键入
draw.colorkey
一样？@lmo它说
找不到
，所以可能无法访问那些逗号方法。我想了解逗号约定代表什么可能是
？“绘制，热图注释方法”
。关于
do.call（）
？文档说它应该和函数名一起工作。而且
help（）
也可以处理字符串。@lmo谢谢！这很有效。但是，有没有一种方法可以访问函数代码，就像我在没有括号的情况下键入
draw.colorkey
一样？@lmo它说
找不到
，所以可能无法访问那些逗号方法。我想了解逗号惯例代表什么，谢谢！我的目标不是直接使用该方法，而是能够轻松地查看源代码code@nachocab不客气。我只是补充了这一点，作为对未来读者的警告。在我看到评论中提到了
get
和
do.call
之后，我想确保人们不会认为直接调用S4方法会非常聪明。在S3中，有一些情况下，调用方法而不是泛型是有必要的，所以我可以想象人们也希望在S4中尝试一下：-）基于@JorisMeys注释，也许也可以将问题的名称从“如何调用函数…”改为“如何引用函数…”非常好，谢谢！我的目标不是直接使用该方法，而是能够轻松地查看源代码code@nachocab不客气。我只是补充了这一点，作为对未来读者的警告。在我看到评论中提到了
get
和
do.call
之后，我想确保人们不会认为直接调用S4方法会非常聪明。对于S3，在某些情况下，调用方法而不是泛型是必要的，因此我可以想象人们也想用S4来尝试：-）根据@JorisMeys的评论，也许将问题的名称从“如何调用函数…”改为“如何引用函数…”也是明智的