函数获取chr信息

函数获取chr信息,r,syntax,bioconductor,R,Syntax,Bioconductor,我正试图制作一个函数来获得给定基因组中给定chr的大小。按照我迄今为止的尝试 chrx <- as.character("chr1") Bchrs <- function(x){ library(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4) genome <- BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4 boundaries <- NULL boundaries$Chrl <- length(genome$x) b

我正试图制作一个函数来获得给定基因组中给定chr的大小。按照我迄今为止的尝试

chrx <- as.character("chr1")
Bchrs <- function(x){
  library(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4)
  genome <- BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4
  boundaries <- NULL
  boundaries$Chrl <- length(genome$x)
  boundaries$Chrn <- 'x'
  return(boundaries)
}
x[[name]]中出错:没有这样的序列


我将感激任何能让它工作的光。

在函数中使用
[[
而不是
$
来提取列,即
长度(基因组[[x]])
另外,我认为
边界$Chrn同样,在编写函数之前,你应该尝试一个例子,我猜你是同一个人;一些chromeomse
x=“chr1”
的长度是
seqlength(BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4)[[x]
chrx <- "chr1" 
Bchrs(chrx)
Bchrs(chrx)