R ggplot2中两种不同颜色美学映射的不同调色板

我的问题非常类似于，也是一个问题。我有一个散点图（使用

geom_point

），使用特定的调色板，按因子着色。我正在使用

stat\u smooth

通过点绘制某些平滑线，按另一个因子分组。我希望这些线条使用不同的调色板

这是一本书。就做一个

currDT <- read.table("SO_data", sep = "|", header = TRUE, strip.white = TRUE)

希望这足够清楚。下面是一些示例代码：

icorr_elec <- ggplot(currDT,
                aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
    geom_point(aes(colour = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4) +
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme) +
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
            alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                      breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides"))

---

icorr\u elec我认为
ggplot2
不会让您更改两次颜色并更新图例。我似乎记得读过这样一篇文章：在一个绘图中，你不能两次更改
scale\u color\u manual
。我找不到那个网页，但这涉及到这个话题。我也尝试过在这篇文章中使用这些建议，但是没有用。可能是因为我们正在尝试混合
geoms
（但这只是一个猜测）

我可以将回归线着色：

part1 <- 
    ggplot(currDT,
           aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
                aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
                alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                          breaks = c("hal", "non-hal"), 
                          labels = c("Halides", "Non-Halides")) +
    scale_color_manual(name = "", values = c("red", 'blue'),
                       labels = c("Halides", "Non-Halides"))
    ggsave('part1.jpeg', part1)

第1部分您可以通过使用点的填充点标记并将其映射到
填充
美学，同时保持线映射到
颜色
美学，获得线和点的单独颜色映射。填充点标记是编号为21到25的标记（请参见pch）。下面是一个例子，改编@RichardErickson的代码：

ggplot(currDT, aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
  stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
              aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
              alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
  scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                        breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) +
  geom_point(aes(fill = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4, colour="transparent") +
  scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) +
  scale_fill_manual(values = my_col_scheme) +
  scale_shape_manual(values=c(21,24)) +
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(colour=my_col_scheme[1:8],
                                                 shape=15, size=3)),
         shape = guide_legend(override.aes = list(shape=c(21,24), fill="black", size=3)),
         colour = guide_legend(override.aes = list(linetype=c("dotdash", "F1"))),
         linetype = FALSE)

以下是我所做的解释：

在
geom_点
，将
颜色
美感更改为
填充
。另外，将
color=“transparent”
放在
aes
之外。这将消除边境点周围的边界。如果需要边框，请将其设置为您喜欢的任何边框颜色
在
scale\u color\u manual
中，我已将颜色设置为蓝色和红色，但您当然可以将它们设置为您喜欢的任何颜色
添加
scale\u fill\u manual
以使用
fill
设置点的颜色
添加
scale\u shape\u manual
并将值设置为21和24（分别为填充圆和三角形）
guides（）
中的所有内容都是修改图例。我不知道为什么，但没有这些替代，填充和形状的图例是空白的。请注意，我已经为
形状
图例设置了
fill=“black”
，但它显示为灰色。我不知道为什么，但是没有
fill=“somecolor”
的
形状
图例是空白的。最后，我覆盖了
颜色
图例，以便在颜色图例中包含线型，这使我能够消除冗余的
线型
图例。我对这个传奇并不完全满意，但这是我能想到的最好的，而不必求助于特殊用途的Grob

注意：我将
color=NA
更改为
color=“transparent”
，因为
color=NA
（在ggplot2的版本2中）会导致点完全消失，即使使用具有单独边框和填充颜色的点也是如此。感谢@aosmith for.
为了完整性起见，现在使用
ggnewscale
软件包可以很容易地为相同的美学效果添加两个音阶
您介意添加一个吗？您的问题看起来很有趣，但我不想创建一个虚拟数据集来查看它。@RichardErickson谢谢您的关注，如果您需要更多信息，我很乐意提供，请告诉我。谢谢您的示例。仅供参考，我必须从
sep=“|”
中删除空格。我不知道这是我的电脑还是其他错误（我现在在Mac电脑上）。另外，出于好奇，你从哪里得到这些数据？它是来自一种乐器吗？我从来没有见过用
|
作为分隔符。@RichardErickson没有，我只是用
write.table
将data.table写入文本文件。我知道逗号和空格是更常见的分隔符，但它们有时会出现在数据中，尤其是字符/字符串类型中，而这是一个非常罕见的字符，因此我通常将其用作字段分隔符。我在下面给出了我的最佳尝试，但无法理解。祝你好运（顺便说一句，我也喜欢
data.table
）。将正确颜色的卤化物/非卤化物图例打印在
第一部分的正确位置，然后在禁用该图例、透明背景和阳离子和卤化物图例的情况下打印
这两个图例，这样它们就不会与第一个图例重叠了？哇，感谢您的努力！是的，在我问这个问题之前，我基本上就是这样结束的；顺便问一下，ggplot2对线条使用了哪些颜色？它似乎没有使用
my_colu\u scheme
@geryan你是在建议创建两个情节，然后一个一个地叠在另一个上面吗？这可以在R中完成吗？或者我们将看到一个外部的图像处理程序吗？@SamuelTan，是的，这是我的建议，但我用自己的一些代码尝试了它，但无法使它工作，对不起。是的。我忘了包括你的颜色代码。我正在更改它，但忘了重新添加。干得好！我对你为制作
ggplot
而进行的大量黑客攻击印象深刻。我尝试使用fill，但没有意识到我还必须将
颜色
更改为
NA
。谢谢。大部分作品都是为了与传奇人物搏斗。如果不希望在点周围有边框，只需包含
color=NA
。如果您不介意边框，您可以省略
color=NA
并获得黑色边框，或者您可以将颜色设置为您喜欢的任何颜色。干杯！使用
填充
而不是
颜色
非常聪明。我不会在
指南上玩得太久而得到我想要的传奇。这就行了。至少现在是这样，因为我总是对其他方法持开放态度。有趣的是，对于
geom_point
使用
fill
而不是
color
仅当您同时指定
shape
内部或外部时才有效
part2 <-           
    ggplot(currDT,
           aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +     
    geom_point(aes(color = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4) +
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                          breaks = c("hal", "non-hal"), 
                          labels =c("Halides", "Non-Halides")) +
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme)   
    ggsave('part2.jpeg', part2)                      

both <- 
    ggplot(currDT,
           aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
    stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
                aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
                alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
    scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                      breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) +
    geom_point(aes(color = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4) +
    scale_colour_manual(values = my_col_scheme)                    
ggsave('both.jpeg', both)   

ggplot(currDT, aes(x = EFP, y = SAPT), na.rm = TRUE) +
  stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + 0, 
              aes(linetype = Halide, colour = Halide), 
              alpha = 0.8, size = 0.5, level = 0) +
  scale_linetype_manual(name = "", values = c("dotdash", "F1"),
                        breaks = c("hal", "non-hal"), labels = c("Halides", "Non-Halides")) +
  geom_point(aes(fill = Anion, shape = Cation),  size = 3, alpha = 0.4, colour="transparent") +
  scale_colour_manual(values = c("blue", "red")) +
  scale_fill_manual(values = my_col_scheme) +
  scale_shape_manual(values=c(21,24)) +
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(colour=my_col_scheme[1:8],
                                                 shape=15, size=3)),
         shape = guide_legend(override.aes = list(shape=c(21,24), fill="black", size=3)),
         colour = guide_legend(override.aes = list(linetype=c("dotdash", "F1"))),
         linetype = FALSE)