如何在R中的无根树中隐藏一些标签

我正在使用R软件包

ape

绘制系统发育树。我对显示的一些标签不感兴趣（例如，“CAN”，见下图），有些标签重叠（例如，“B10”、“D1”或“D3”）。这样做的目的是：（1）找到一种方法来防止某些标签被显示，或者（2）减小字体大小以使标签更具可读性

下面是我用来绘制树的代码：

library(ape)    
arbol <- nj(as.dist(Matrix_Distance))
        plot.phylo(arbol, type = "unrooted", edge.width = 1, font = 1,lab4ut = "axial", show.tip.label = TRUE, cex = 0.5)

根据（第195页），您可以通过调整参数

cex

（这是一个比例因子，默认值取决于图形参数的当前值，并且可能因用户而异）来调整树上显示的字体大小：

一个数值，给出尖端和节点标签的因子缩放（字符扩展）。默认设置是从图形参数中获取当前值

要删除某些标签，最简单的方法可能是在打印之前删除（或隐藏）不希望显示的样本的相应列/行。根据文档，事实上，

show.tip.label

是一个布尔值：

指示是否在系统发育图上显示tip标签的逻辑值（默认为TRUE，即显示标签）

根据（第195页），您可以通过调整参数

cex

（这是一个比例因子，默认值取决于图形参数的当前值，并且可能因用户而异）来调整树上显示的字体大小：

一个数值，给出尖端和节点标签的因子缩放（字符扩展）。默认设置是从图形参数中获取当前值

要删除某些标签，最简单的方法可能是在打印之前删除（或隐藏）不希望显示的样本的相应列/行。根据文档，事实上，

show.tip.label

是一个布尔值：

指示是否在系统发育图上显示tip标签的逻辑值（默认为TRUE，即显示标签）

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试着分两步做。首先是没有尖端的树

plot.phylo(arbol, type = "unrooted", edge.width = 1, font = 1,lab4ut = "axial", show.tip.label = FALSE)

然后把小费放在树上

## Creating the vector of labels
my_labels <- tree$tip.label
## "Removing" the unwanted labels (e.g. label 1, 2 and 7)
my_labels[c(1,2,5)] <- ""
## Adding the labels
tiplabels(my_labels, cex = 0.5)

创建标签向量

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我的标签试着分两步来做。首先是没有尖端的树

plot.phylo(arbol, type = "unrooted", edge.width = 1, font = 1,lab4ut = "axial", show.tip.label = FALSE)

然后把小费放在树上

## Creating the vector of labels
my_labels <- tree$tip.label
## "Removing" the unwanted labels (e.g. label 1, 2 and 7)
my_labels[c(1,2,5)] <- ""
## Adding the labels
tiplabels(my_labels, cex = 0.5)

创建标签向量 我的标签