R 快速贪心图对象

因此，我在csv文件中读取了我的网络数据，并通过执行以下操作将其转换为图形对象

g = read.csv"somefile.csv", header = FALSE)
G = graph.data.frame(g,directed=FALSE)
fc = cluster_fast_greedy(G)

Error in cluster_fast_greedy(G) : 
At fast_community.c:639 : fast-greedy community finding works only on graphs 
without multiple edges, Invalid value

非常有趣的是，我尝试直接加载graphml版本，并且可以毫无错误地运行

fast greedy

函数

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我的问题是，如果我仅限于csv文件，如何在其上运行快速贪婪函数？

正如错误消息所说

快速贪婪社区查找仅适用于没有多条边的图

但您可以使用

simplify

功能删除多条边。 这里有一个例子。首先，我创建了一个具有多条边的图-在这条边上

fastgreedy.community

失败。但经过简化后，它就可以工作了

set.seed(1234)
g = erdos.renyi.game(12, 0.3)
g = add_edges(g, c(1,5, 7,10))
fastgreedy.community(g)
Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works 
  only on graphs without multiple edges, Invalid value

g = simplify(g)
fastgreedy.community(g)
IGRAPH clustering fast greedy, groups: 2, mod: 0.26
+ groups:
  $`1`
  [1]  1  3  4  5  9 10 11

  $`2`
  [1]  2  6  7  8 12

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这就解决了问题。但是为什么我可以直接在csv版本失败的未修改的graphml数据上运行

fast\u greedy

。没有您的数据，很难诊断。你能举个小例子，把数据加到你的问题上吗？