Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/69.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

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R 用热图绘制kmeans聚类_R_Visualization_Cluster Analysis_K Means_Heatmap - Fatal编程技术网

R 用热图绘制kmeans聚类

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我想用kmeans将矩阵聚类,并能够将其绘制为热图。听起来很琐碎,我看过很多这样的情节。我试着用谷歌搜索阿托德,但找不到绕过它的方法

我希望能够在这个图上画出类似于面板A或B的东西。 假设我有一个250行5列的矩阵。我不想对列进行集群,只想对行进行集群

m = matrix(rnorm(25), 250, 5)

km = kmeans(m, 10)
那么我如何将这10个星团绘制成热图呢?欢迎您的评论和帮助

谢谢


类似于以下内容的操作应该有效:

set.seed(100)
m = matrix(rnorm(10), 100, 5)
km = kmeans(m, 10)
m2 <- cbind(m,km$cluster)
o <- order(m2[, 6])
m2 <- m2[o, ]
library(pheatmap) # I like esoteric packages!
library(RColorBrewer)
pheatmap(m2[,1:5], cluster_rows=F,cluster_cols=F, col=brewer.pal(10,"Set3"),border_color=NA)
set.seed(100)
m=矩阵(rnorm(10),100,5)
公里=公里平均数(米,10)

m2我认为这两个数字应该来自两个数字的总和。左边是热图,右边是根据聚类结果着色的。当然,数据应该根据聚类结果重新排序。顺便说一句,这个问题与下面评论的两个问题不同。

谢谢保罗的回答。然而我有点困惑,为什么我们会失去情节中的5列?我们不是!试试看:pheatmap(m2[,1:5],cluster_rows=F,cluster_cols=F,col=brewer.pal(10,“Set3”))这个问题和这个问题类似(),答案很好。看一看