如何在Ubuntu上设置R_LIBS_站点，以便在启动时为所有用户正确设置.libpath（）？

我正在设置一个集群，其中所有节点都可以访问

/nfs/software

，因此

安装.packages（）

的好地方应该在

/nfs/software/R

下。如何设置

R\u LIBS\u站点

，使其自动成为所有用户R环境的一部分？我尝试在

/etc/R/Renviron

中为R_LIBS_站点指定的路径做预加，但是

帮助（启动）

说“不要更改'R_HOME/etc/Renviron'本身”，我不确定这是同一个文件，因为

R_HOME

扩展到

/usr/lib/R

，但在任何情况下都没有效果。在各种

Renviron.site

和

Rprofile.site

文件中创建条目似乎没有达到预期效果。我错过了什么

---

其他一些问题围绕着这个问题（也许还有其他问题），但人们似乎满足于在他们的

家中拥有一个特定于用户的库

确保您对要写入的目录拥有所有者和/或组写入权限

文件

/etc/R/Renviron.site

是本地覆盖

/etc/R/Renviron

的首选

另一种方法是简单地。。。安装软件包时强制使用目录。我倾向于在（bash而不是R）shell上通过从littler包中的一个示例派生的脚本来实现这一点：

$ cat bin/install.r 
#!/usr/bin/env r
#
# a simple example to install one or more packages

if (is.null(argv) | length(argv)<1) {

  cat("Usage: installr.r pkg1 [pkg2 pkg3 ...]\n")
  q()

}

## adjust as necessary, see help('download.packages')
repos <- "http://cran.us.r-project.org"
#repos <- "http://cran.r-project.org"

## this makes sense on Debian where no packages touch /usr/local
lib.loc <- "/usr/local/lib/R/site-library"

install.packages(argv, lib.loc, repos)

---

它将忠实地安装这些软件包及其附件。littler软件包有一个类似的脚本

update.r

跟踪Dirk Eddelbuettel（谢谢Dirk！）

对德克建议的改编，可在R：

# R function to install one or more packages
Rinstall <- function(pkg) {
  if (is.null(pkg) | length(pkg)<1) {
    q()
  }
  if(.Platform$OS.type == "windows") {
  lib.dir <- "c:/R/library"
  } else {
  lib.dir <- "~/R/library"
  }
  repos.loc <- "http://cran.us.r-project.org"
  install.packages(pkg, lib.dir, repos.loc, dependencies=c('Depends','Suggests'))  # make sure you get dependencies
}

当然，您希望根据您的系统调整repos.loc和lib.dir。当我在Windows和Linux机器上工作时，我还插入了一个条件语句来检查我在哪个系统上工作

---

另外，不要犹豫简化代码，我完全是个新手。

由于库文件夹

/nfs/software/R/i486 pc-linux-gnu-library/2.13

尚未创建，所以它失败了。编辑

R\u LIBS\u站点=

。在/etc/R/Renviron中排队似乎仍然是一条路要走。所需路径现在是

.libPaths（）

中的第一个条目，但是

update.packages（）

在第二个条目

/usr/local/lib/R/site library

中完成了它的工作。这里发生了什么？我终于意识到我必须登录到NFS服务器，在那里设置R，更改

/etc

文件，并从那里安装包，因为NFS根压缩。我相信德克在所有方面都是正确的，但我会继续我所做的，因为它似乎是有效的。谢谢你让我在这里记录下我的意识流，而我正在解决这个问题！我希望这对某人有帮助。在所有这些之后，我第一次尝试了

littler

，我得到了这样的结果：

$r-e“print（.libpath（））”[1]“/usr/local/lib/r/site library”“/usr/lib/r/site library”[3]“/usr/lib/r/library”

在这方面，

r

的启动是否不同？在我没有

~/r/library/

的系统上，

r

和

Rscript

给出了相同的结果。另一方面，其中存在

~/R/library/

Rscript

将其添加到前面。

R

中可能有新的启动代码，但

R

没有。我倾向于不使用

~/R/library/

，因此当前的行为对我来说没有问题。请注意，在

/etc/R/Renviron.SITE

中设置R\u LIBS\u SITE意味着如果R以

--vanilla

标志启动，则不会遵守该设置。如果您想更永久地设置默认的

R_LIBS_站点

（因此即使是

--vanilla

），唯一的选择是将其设置在R之外（例如，

/etc/bashrc

），修改

/etc/R/Renviron

（违背官方建议，但似乎无害），或者使用指定的站点库从源代码构建R，可能认为

--prefix=

或类似。我认为您误解了

--vanilla

的用途：它意味着跳过init文件，通常也只是调试。在不同的

*.站点中设置选项是推荐的方式。
# R function to install one or more packages
Rinstall <- function(pkg) {
  if (is.null(pkg) | length(pkg)<1) {
    q()
  }
  if(.Platform$OS.type == "windows") {
  lib.dir <- "c:/R/library"
  } else {
  lib.dir <- "~/R/library"
  }
  repos.loc <- "http://cran.us.r-project.org"
  install.packages(pkg, lib.dir, repos.loc, dependencies=c('Depends','Suggests'))  # make sure you get dependencies
}

Rinstall(c("package1", "package2"))