R 在一个图中对不同范围的数据使用多个比例\颜色\梯度比例

我对R很陌生，所以如果我的问题不清楚，请容忍我

我有一个

data.frame

“protein”有5列，即：

1.protein_name，2.protein_FC，3.protein_pval，4.mRNA_FC，5.mRNA_pval和6.freq

我试图用x=log2（protein_FC），y=-log10（protein_pval）绘制火山图。然后将点的大小映射到freq，将颜色映射到mRNA_FC。这一切都很好，下面是我使用的代码：

ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))

---

ggplot（protein）[protein$freq对于这种类型的东西，您要使用
scale\u gradientn
。例如：

library(ggplot2)

x = seq(-0.1, 0.1, len=100)
y = 0:10
dat = expand.grid(x=x, y=y)

ggplot(data=dat, aes(x=x, y=y, fill=x)) +
  geom_raster() +
  scale_fill_gradientn(colours=c('red', 'yellow', 'cyan', 'blue'),
    values   = c(-0.05,-1e-32,1e-32,0.05),
    breaks   = c(-0.05,-0.005,0.005,0.05),
    rescaler = function(x,...) x,
    oob      = identity)

我不完全理解你的问题。一个示例图形或数据集会更好地理解默认ggplot2颜色刻度的错误。默认颜色刻度围绕mRNA_FC=0旋转数据，但我希望它在0的两侧显示完全不同的颜色。我觉得它的显示点非常接近0，比如-0.1、0和0.1具有相同的颜色。很抱歉，我无法共享数据集，因为数据集即将发布，而且数据所有者还不想公开。那么，使用用户定义的
的离散色标打破
怎么样？谢谢你，John。这正是我想要的。老实说，我花了一段时间才找到最好的使用它的方式，正如我在帖子中所说，我在R的经验是2周前的。