改变plot.dendrogram中的叶子颜色，类似于包装猿的plot.phylo

我试图以与使用“ape”包绘制树时相同的“样式”绘制聚集聚类（带Agnes的UPGMA）的结果。下图中包含了一个简单的示例

关键问题是，我希望能够根据树叶标签中的a模式为树状图的树叶着色。我尝试了两种方法：要么我使用了

hc2Newick

，要么我使用了Joris Meys在回答问题时提出的代码。两者都没有给出令人满意的结果。这可能是因为我也不完全理解树状图的构造方式。可以在上找到

funtity.agnes.ave

对象（从运行agnes存储）的ASCII保存

当我使用第一个选项时（使用bioconductor的

ctc

软件包中的

hc2Newick

），我在使用此代码时得到下图：

write(hc2Newick(as.hclust(abundance.agnes.ave)),file="all_samples_euclidean.tre")
eucltree<-read.tree(file="all_samples_euclidean.tre")
eucltree.laz<-ladderize(eucltree,FALSE)
tiplabs<-eucltree$tip.label
numbertiplabs<-length(tiplabs)
colourtips<-rep("green",numbertiplabs)
colourtips[grep("II",tiplabs)]<-"red"
plot(eucltree.laz,tip.color=colourtips,adj=1,cex=0.6,use.edge.length=F)
add.scale.bar()

这个图越来越接近我想要的，但是我不知道为什么叶子上会出现开放的圆圈，以及如何去除它们

非常感谢您的帮助

亲切问候,

---

FM

我很久以前写过这段代码，看起来机制中有点变化

我使用的

plot.dendrogram

函数有一个参数

nodePar

。自从我上次使用该函数以来，行为发生了变化，尽管这通常用于内部节点，但显然对外部节点也有影响。根据帮助文件，

pch

的默认值现在是

1:2

因此，您需要在添加到

colLab

函数的外部节点的属性中特别指定

pch=NA

。试着这样做：

colLab <- function(n)
{
  if(is.leaf(n)) {
    a <- attributes(n)
    # clusMember - a vector designating leaf grouping
    # labelColors - a vector of colors for the above grouping
    labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]

    attr(n, "nodePar") <- 
        if(is.list(a$nodePar)) c(a$nodePar, lab.col = labCol,pch=NA) else
                               list(lab.col = labCol,pch=NA)
  }
  n
}

---

colLab这项功能现在可以在一个名为“”的新软件包中使用，该软件包正是为这类事情而构建的

在以下URL的“用法”部分，您可以在软件包的演示文稿和案例中看到许多示例：

下面的问题回答了一个几乎完全相同的问题：

Joris，谢谢您的回复。在我的机器上，这也解决了这个问题。关于你对
use.edge.length
的评论，我已经编辑了我的原始帖子，显示我使用它得到了一个不理想的结果。我得承认，我对细节还有些模糊。例如，如果我将
lab.cex
添加到节点的属性（例如
attr（n，“nodePar”）感谢您的更新，我将很快调查您的包的使用情况。事实上，我只是在寻找一种可能性，使'缠结图'显示在您的小插曲！不客气。此外，如果您将创建一些与包-请考虑电子邮件给我关于你的工作（我的联系是在包GITHUB主页）。我渴望展示使用此代码的真实案例研究的示例，因此我很乐意推广您的工作。祝你好运，塔尔加利利
colLab <- function(n)
{
  if(is.leaf(n)) {
    a <- attributes(n)
    # clusMember - a vector designating leaf grouping
    # labelColors - a vector of colors for the above grouping
    labCol <- labelColors[clusMember[which(names(clusMember) == a$label)]]

    attr(n, "nodePar") <- 
        if(is.list(a$nodePar)) c(a$nodePar, lab.col = labCol,pch=NA) else
                               list(lab.col = labCol,pch=NA)
  }
  n
}