是否有函数生成自r中记录的第一个日期起的天数序列？

我试图分析植物的生存概率。因此，我每8天记录一次每株植物3个月的存活/死亡情况。我有这样一个数据帧：

   sampling date       ID    survival
1        1 04/03/2017 L4           0
2        1 04/03/2017 L5           0
3        1 04/03/2017 L6           0
4        2 15/03/2017 L4           0
5        2 15/03/2017 L5           1
6        2 15/03/2017 L6           0
7        3 23/03/2017 L4           0
8        3 23/03/2017 L6           1

其中：生存是一个二项式向量：1=存活，0=死亡。ID=每个工厂的ID。日期=取样日期。 我在R中使用lubridate包尝试了许多不同的组合，但我做不到。我希望获得如下数据帧：

   sampling date       ID    survival        days
1        1 04/03/2017 L4           0           0
2        1 04/03/2017 L5           0           0
3        1 04/03/2017 L6           0           0
4        2 15/03/2017 L4           0           11
5        2 15/03/2017 L5           1           11
6        2 15/03/2017 L6           0           11
7        3 23/03/2017 L4           0           19
8        3 23/03/2017 L6           1           19

有什么建议吗？

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我将感谢您的帮助，谢谢。

一旦您将日期更改为实际日期类

df$date <- as.Date(df$date, "%d/%m/%Y")

或者在data.table中

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将日期更改为实际日期类后

df$date <- as.Date(df$date, "%d/%m/%Y")

或者在data.table中

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您需要使用包chron，使用as.date函数将日期转换为日期对象，然后日期将是可减去的

我使用以下代码获得您想要的输出：

输入：

## to create your sample dataset -- so you can see what data types I started with
sampling <- c(1,1,1,2,2,2,3,3)
date <- c('04/03/2017','04/03/2017','04/03/2017','15/03/2017','15/03/2017','15/\
03/2017','23/03/2017','23/03/2017')
ID <- c('L4','L5','L6','L4','L5','L6','L4','L6')
survival <- c(0,0,0,0,1,0,0,1)

##this is the actual part of the code that calculates days since the first

library(chron)
df <- data.frame(sampling,date,ID,survival)
df$date <- as.Date(df$date,format='%d/%m/%Y') 
# convert date to chron fmt -- see
#    https://www.stat.berkeley.edu/~s133/dates.html

df$days <- as.integer(df$date - df$date[1])

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您需要使用包chron，使用as.date函数将日期转换为日期对象，然后日期将是可减去的

我使用以下代码获得您想要的输出：

输入：

## to create your sample dataset -- so you can see what data types I started with
sampling <- c(1,1,1,2,2,2,3,3)
date <- c('04/03/2017','04/03/2017','04/03/2017','15/03/2017','15/03/2017','15/\
03/2017','23/03/2017','23/03/2017')
ID <- c('L4','L5','L6','L4','L5','L6','L4','L6')
survival <- c(0,0,0,0,1,0,0,1)

##this is the actual part of the code that calculates days since the first

library(chron)
df <- data.frame(sampling,date,ID,survival)
df$date <- as.Date(df$date,format='%d/%m/%Y') 
# convert date to chron fmt -- see
#    https://www.stat.berkeley.edu/~s133/dates.html

df$days <- as.integer(df$date - df$date[1])

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使用dplyr和润滑油

library(dplyr)
library(lubridate)

d %>% group_by(ID) %>% 
  mutate(days = difftime(time1 = date, time2 = min(date), units = "days"))

输出

sampling date       ID    survival days   
  <chr>    <date>     <chr>    <dbl> <drtn> 
1 1        2017-03-04 L4           0  0 days
2 1        2017-03-04 L5           0  0 days
3 1        2017-03-04 L6           0  0 days
4 2        2017-03-15 L4           0 11 days
5 2        2017-03-15 L5           1 11 days
6 2        2017-03-15 L6           0 11 days
7 3        2017-03-23 L4           0 19 days
8 3        2017-03-23 L6           1 19 days

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使用dplyr和润滑油

library(dplyr)
library(lubridate)

d %>% group_by(ID) %>% 
  mutate(days = difftime(time1 = date, time2 = min(date), units = "days"))

输出

sampling date       ID    survival days   
  <chr>    <date>     <chr>    <dbl> <drtn> 
1 1        2017-03-04 L4           0  0 days
2 1        2017-03-04 L5           0  0 days
3 1        2017-03-04 L6           0  0 days
4 2        2017-03-15 L4           0 11 days
5 2        2017-03-15 L5           1 11 days
6 2        2017-03-15 L6           0 11 days
7 3        2017-03-23 L4           0 19 days
8 3        2017-03-23 L6           1 19 days

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谢谢，这个函数似乎没有正确计算天数。例如，在我的数据中，函数没有将不同日期的新工厂识别为新记录或从0开始。但是它很有用，我将探索这个包。再次感谢。谢谢，函数似乎没有正确计算天数。例如，在我的数据中，函数没有将不同日期的新工厂识别为新记录或从0开始。但是它很有用，我将探索这个包。再次感谢。我的荣幸！！！。但是，您应该将@RonakShah answer标记为已接受，因为他为您提供了直接使用base R的选项。包越小，依赖性就越小，但某些标准除外；你是对的，软件包很有用，但有时我很难记住R中太多的命令和函数。所以，我用软件包中的函数创建函数。哈哈。这是一个实践问题。我很高兴！！！。但是，您应该将@RonakShah answer标记为已接受，因为他为您提供了直接使用base R的选项。包越小，依赖性就越小，但某些标准除外；你是对的，软件包很有用，但有时我很难记住R中太多的命令和函数。所以，我用软件包中的函数创建了函数。哈哈。这是一个实践问题。谢谢！你和Neel为我的问题提供了最好的解决方案。谢谢！你和尼尔为我的问题提供了最好的解决方案。