R 使用identify.hclust（）获取切割高度

我正在使用

identify.hclust

手动剪切从R中的

hclust

创建的树状图。 函数的默认返回值是每个组中观察值的ID。 我需要这些信息，但我也需要知道这个群体的高度。有什么办法吗？非常感谢

可复制数据：

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))
plot(hca, hang=-1, sub="", xlab="", labels=F)
heightsAndIDs = identify(hca) #Gives only IDs

例如，我使用

identify

在以下高度切割树状图，并希望获得分支的合并高度：

segments(3,2,8, col="red")
segments(15,1,18, col="green")
segments(20,1,24,col="blue")
segments(38,1.5,45,col="purple")
segments(75, 1.5, 82,col="cyan")

---

我猜想您可以从R包中的两个函数

heights\u per_k.dendrogram

和

get\u branchs\u heights

中得到答案

下面是一个小例子：

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))

library(dendextend)

例如：

> sort(heights_per_k.dendrogram(dend))[1:7]
          100            99            98 
0.00002485728 0.00010400211 0.00020365009 
           97            96            95 
0.00118445439 0.00180321776 0.00215161572 
           94 
0.00230368982 
> sort(heights_per_k.dendrogram(dend), T)[1:7]
        1         2         3         4         5 
4.6163377 4.6162976 3.1585161 1.8779138 1.3384979 
        6         7 
1.1705453 0.9620798 

---

这是否为您提供了获取答案的工具？

我怀疑您可以从R软件包中的两个函数

heights\u perk.dendrogram

和

get\u branchs\u heights

中获得答案

下面是一个小例子：

set.seed(1)
dat = rnorm(100,0,1)
hca = hclust(dist(dat))

library(dendextend)

例如：

> sort(heights_per_k.dendrogram(dend))[1:7]
          100            99            98 
0.00002485728 0.00010400211 0.00020365009 
           97            96            95 
0.00118445439 0.00180321776 0.00215161572 
           94 
0.00230368982 
> sort(heights_per_k.dendrogram(dend), T)[1:7]
        1         2         3         4         5 
4.6163377 4.6162976 3.1585161 1.8779138 1.3384979 
        6         7 
1.1705453 0.9620798 

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这是否为您提供了获取答案的工具？

除了

identification（）

尝试

locator（）

谢谢，这肯定会对我有所帮助。现在，我需要将它与默认的返回值结合起来，除了

identify（）

尝试

locator（）

谢谢，这肯定会对我有所帮助。现在我需要将它与默认返回组合起来