表提取的R冻结

我有一个奇怪的问题与R（在Linux上），我无法解决，尽管几个小时的尝试。。。 我的文件1的格式如下：

Name    Chr     Position        18-B00G44L.CEL.Log_R_Ratio      18-B00G44L.CEL.B_Allele_Freq
SNP_A-2131660   1       1145994 0.0315  0.9700
SNP_A-1967418   1       2224111 0.2447  0.9894
SNP_A-1969580   1       2319424 -0.1340 0.7163
SNP_A-4263484   1       2543484 0.5695  0.8937
SNP_A-1978185   1       2926730 -0.3612 0.1438
SNP_A-4264431   1       2941694 -0.0140 0.0251
SNP_A-1980898   1       3084986 0.0082  0.9900
SNP_A-1983139   1       3155127 0.7095  0.1457
SNP_A-4265735   1       3292731 1.8722  0.5030

            chr     pos
SNP_A-8531044   1       990417
SNP_A-8530320   1       990517
SNP_A-8572481   1       990839
SNP_A-2116190   1       1003629
SNP_A-8325638   1       1017216
SNP_A-8469070   1       1018704

我的文件2的格式如下：

Name    Chr     Position        18-B00G44L.CEL.Log_R_Ratio      18-B00G44L.CEL.B_Allele_Freq
SNP_A-2131660   1       1145994 0.0315  0.9700
SNP_A-1967418   1       2224111 0.2447  0.9894
SNP_A-1969580   1       2319424 -0.1340 0.7163
SNP_A-4263484   1       2543484 0.5695  0.8937
SNP_A-1978185   1       2926730 -0.3612 0.1438
SNP_A-4264431   1       2941694 -0.0140 0.0251
SNP_A-1980898   1       3084986 0.0082  0.9900
SNP_A-1983139   1       3155127 0.7095  0.1457
SNP_A-4265735   1       3292731 1.8722  0.5030

            chr     pos
SNP_A-8531044   1       990417
SNP_A-8530320   1       990517
SNP_A-8572481   1       990839
SNP_A-2116190   1       1003629
SNP_A-8325638   1       1017216
SNP_A-8469070   1       1018704

我用

read.table（File，header=T，row.names=1）读取R中的两个文件

现在，我要做的是，例如：

Test = File1[rownames(File2),4,drop=F]

而且效果很好

问题是，当我使用最初为Windows创建的程序创建第三个文件时。
File3的格式与File1完全相同，但是当我想要运行时

Test = File3[rownames(File2),4,drop=F]

什么都没发生。。。没有错误消息，只有R被冻结，就像工作一样，但我无法停止

我在File3中找到了带有
cat-et File3
并使用
cat File3 | tr-d'\b\r'>新文件3将其删除

但这并没有改变任何事情。
现在我迷路了，迷茫了

编辑：

奇怪的是

Test = File3["SNP_A-8325638",4,drop=F]

或

工作正常…

编辑2:

Test = File3[rownames(File2)[26],4,drop=F]

同样有效…

请问有人有什么想法吗？
我找到了一个解决方案：

当我意识到文件大小类似于File3
因此，我将File2的大小（行数）减小为File2
它终于成功了

最后，要做的是：

Test = File3[rownames(File2),4,drop=F]

文件2的大小小于文件3的大小似乎很重要…
您是否使用
head（文件3）
和
str（文件3）
检查了data.frame？
File2
和
File3
有多大？如果数据量很大，则帧子集设置可能会很慢。奇怪的是，您的file1示例看起来没有设置
rownames（）。它在第一列
名称
中有一个标题，通常在
行名
中不显示该标题。读入文件3后，您没有注意到它有任何其他问题吗？它有你期望的行数？File1有1.848.112行，File3有1.754.310行，所以它的行数比预期的少，但我想这是为了我使用的更正程序，可能删除了一些行。文件2有1.838.128行。我不认为这与大小有关，因为对于文件1，测试在几秒钟内生成，而文件3更小…@Roland:我尝试了str（文件1）和str（文件3），但有些不同！文件1:$Chr:Factor w/24级“1”、“10”、“11”、..：1…
文件3:$Chr:int 1 1。。。而在文件2中：$chr:系数w/23级别“1”、“10”、“11”、..：1。。。所以我猜问题来自File3中变量Chr的类型！我只需要想办法改变它的类型。。。您知道如何执行此操作吗？请检查列中应为数字/整数的字符串。然后使用
read.table
的
na.strings
参数。此外，对于如此多的行，您将从使用package data.table及其更快的联接中获益。