R 访问全局变量失败

我试图在R中实现简单的身份验证，它将在版本控制下的源代码之外存储凭据。我知道使用

options（）

和

getOption（）

的方法，但使用它会迫使我从修订控制中删除项目级

.Rprofile

。我更喜欢使用另一种方法，即通过R关联Linux用户（

ruser

）的

.bashrc

导出凭据的环境变量，然后在特定于项目的

.Rprofile

中将这些凭据读入如下全局变量：

CB_API_KEY <<- Sys.getenv("CB_API_KEY")

顶层

Makefile

：

# Execute global R profile first...
source("~/.Rprofile")

# ...then local project R setup

# Retrieve SRDA (SourceForge) credentials
SRDA_USER <<- Sys.getenv("SRDA_USER")
SRDA_PASS <<- Sys.getenv("SRDA_PASS")

# Retrieve CrunchBase API key
CB_API_KEY <<- Sys.getenv("CB_API_KEY")

# Another approach is to use options() and getOption(),
# but it requires removing this file from source control
options(SRDA_USER = "XXX", SRDA_PASS = "YYY", CB_API_KEY = "ZZZ")

# Major variable definitions

PROJECT="diss-floss"
HOME_DIR="~/diss-floss"
REPORT={$(PROJECT)-slides}

COLLECTION_DIR=import
PREPARATION_DIR=prepare
ANALYSIS_DIR=analysis
RESULTS_DIR=results
PRESENTATION_DIR=present

RSCRIPT=Rscript


# Targets and rules

all: rprofile collection preparation analysis results presentation

rprofile:
        R CMD BATCH ./.Rprofile

collection:
        cd $(COLLECTION_DIR) && $(MAKE)

preparation: collection
        cd $(PREPARATION_DIR) && $(MAKE)

analysis: preparation
        cd $(ANALYSIS_DIR) && $(MAKE)

results: analysis
        cd $(RESULTS_DIR) && $(MAKE)

presentation: results
        cd $(PRESENTATION_DIR) && $(MAKE)


## Phony targets and rules (for commands that do not produce files)

#.html
.PHONY: demo clean

# run demo presentation slides
demo: presentation
        # knitr(Markdown) => HTML page
        # HTML5 presentation via RStudio/RPubs or Slidify
        # OR
        # Shiny app

# remove intermediate files
clean:
        rm -f tmp*.bz2 *.Rdata

# Major variable definitions

RSCRIPT=Rscript
#RSCRIPT=R CMD BATCH
R_OPTS=--no-save --no-restore --verbose
#R_OUT=> outputFile.Rout 2>&1

# --no-save --no-restore --verbose myRfile.R > outputFile.Rout 2>&1


# Targets and rules

collection: importFLOSSmole \
            importSourceForge \
            importAngelList \
            importCrunchBase

importFLOSSmole: getFLOSSmoleDataXML.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importSourceForge: getSourceForgeData.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importAngelList: getAngelListData.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importCrunchBase: getCrunchBaseDataAPI.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

.PHONY: clean

# remove intermediate files
clean:
        rm -f tmp*.bz2 *.Rdata .Rout

子项目级

Makefile

：

# Execute global R profile first...
source("~/.Rprofile")

# ...then local project R setup

# Retrieve SRDA (SourceForge) credentials
SRDA_USER <<- Sys.getenv("SRDA_USER")
SRDA_PASS <<- Sys.getenv("SRDA_PASS")

# Retrieve CrunchBase API key
CB_API_KEY <<- Sys.getenv("CB_API_KEY")

# Another approach is to use options() and getOption(),
# but it requires removing this file from source control
options(SRDA_USER = "XXX", SRDA_PASS = "YYY", CB_API_KEY = "ZZZ")

# Major variable definitions

PROJECT="diss-floss"
HOME_DIR="~/diss-floss"
REPORT={$(PROJECT)-slides}

COLLECTION_DIR=import
PREPARATION_DIR=prepare
ANALYSIS_DIR=analysis
RESULTS_DIR=results
PRESENTATION_DIR=present

RSCRIPT=Rscript


# Targets and rules

all: rprofile collection preparation analysis results presentation

rprofile:
        R CMD BATCH ./.Rprofile

collection:
        cd $(COLLECTION_DIR) && $(MAKE)

preparation: collection
        cd $(PREPARATION_DIR) && $(MAKE)

analysis: preparation
        cd $(ANALYSIS_DIR) && $(MAKE)

results: analysis
        cd $(RESULTS_DIR) && $(MAKE)

presentation: results
        cd $(PRESENTATION_DIR) && $(MAKE)


## Phony targets and rules (for commands that do not produce files)

#.html
.PHONY: demo clean

# run demo presentation slides
demo: presentation
        # knitr(Markdown) => HTML page
        # HTML5 presentation via RStudio/RPubs or Slidify
        # OR
        # Shiny app

# remove intermediate files
clean:
        rm -f tmp*.bz2 *.Rdata

# Major variable definitions

RSCRIPT=Rscript
#RSCRIPT=R CMD BATCH
R_OPTS=--no-save --no-restore --verbose
#R_OUT=> outputFile.Rout 2>&1

# --no-save --no-restore --verbose myRfile.R > outputFile.Rout 2>&1


# Targets and rules

collection: importFLOSSmole \
            importSourceForge \
            importAngelList \
            importCrunchBase

importFLOSSmole: getFLOSSmoleDataXML.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importSourceForge: getSourceForgeData.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importAngelList: getAngelListData.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

importCrunchBase: getCrunchBaseDataAPI.R
        $(RSCRIPT) $(R_OPTS) $<

.PHONY: clean

# remove intermediate files
clean:
        rm -f tmp*.bz2 *.Rdata .Rout

---

谢谢大家!

如果我理解正确，您有一个名为

Makefile

的shell脚本，它在批处理模式下调用R（

R CMD batch

）来生成

.Rprofile

文件，然后通过

Rscript

运行另一个R会话，在该脚本中找不到您在

.Rprofile

文件中定义的变量

您注意到全局变量不会在会话之间持久化，这是正确的

但是，除非您使用

--no init file

或

--vanilla

参数调用

Rscript

，否则启动时应获取

.Rprofile

文件

---

将

消息

添加到您的

.r配置文件中

将让您知道它是否被调用以及何时被调用。

好的，看起来我找到了解决此问题的方法。我在项目的子目录（

import

）中创建了另一个

.Rprofile

，其中处理需要身份验证，并将检索环境变量值到R全局变量的代码移到那里。我对它进行了测试，没有看到前面的错误消息（敲门！）。另一个好处是，现在代码更多地被划分为功能区域，因此更干净

吸取的教训（以及所有这些麻烦的原因）：

---

AnyR session sources

.Rprofile

文件位于运行它的Any[current]目录中（我错误地假设R session sources

.Rprofile

文件在初始运行时只运行一次，后续的R sessions不能这样做）.

请给我们看一下

Makefile

和

.Rprofile

的内容。特别是，我们需要查看对

Rscript

的调用，以查看传递给它的命令参数。@RichieCotton:感谢您的评论和回答！根据你的要求，我用询问的细节更新了我的问题。很抱歉延迟-我脱机了。在

.Rprofile

中包含

源文件（“~/.Rprofile”）

很奇怪。这种疯狂的递归可能会导致问题。尝试将

消息（“Inside.Rprofile”）

添加到

.Rprofile

文件中，看看它是否被调用。@RichieCotton:1）将该语句放在

中。Rprofile

实际上是我在一本著名出版商出版的R书中读到的一条建议。根据作者的说法，这个建议源于这样一个事实（？）R，如果寻找一个项目级

.Rprofile

文件，不会自动寻找主文件。因此，建议并没有周期性依赖的风险（？）；1'）实际上，我的main

.Rprofile

当前是空的，我只是将其作为将来可能的更改的源文件；2） 添加了

消息

呼叫：正如预期的那样，我收到了消息。但最重要和神奇的是，我再也看不到错误消息了！再次感谢你的回答！我根据你的要求更新了我的问题。但是，正如您所看到的，我调用的是

Rscript

，没有

——没有init文件

和

——vanilla

参数。因此，问题的原因可能是它是项目子目录中的

.Rprofile

。另一个可能的原因可能是我如何通过

Makefile

文件启动R会话。期待您的来信！对不起，我想，现在庆祝还为时过早。。。我刚刚找到了错误消息消失的原因：当从

选项

方法返回时，我注释了

.Rprofile

中的设置选项，但意外地忘记了返回到访问基于环境的全局变量。我不确定这些选项存储在哪里（我猜应该是

.RData

），但它们似乎在R会话重新启动时保持不变。所以，你和我都正确地认为全局变量不能在会话间神奇地持久存在。