如何使用VariantNotation软件包将VariantCallFormat（VCF）文件保存到R中的磁盘

我在网上搜索过这个，运气不好。或多或少，您总是可以从VariantAnotation包获得示例。由于这个例子在我的计算机上运行良好，我不知道为什么我创建的VCF不能运行

问题：我想确定所选基因中SNP的数量和位置。我有一个很大的VCF文件（超过5GB），其中包含了一些小鼠品系所有染色体上所有SNP的信息。显然，如果我试图在整个基因组范围内做任何事情，我的计算机就会冻结，所以我首先确定了感兴趣的基因在1号染色体上的基因组位置。然后，我使用VariantNotation包从VCF文件中仅获取与我感兴趣的基因相关的数据：

library(VariantAnnotation)
param<-ScanVcfParam(
  info=c("AC1","AF1","DP","DP4","INDEL","MDV","MQ","MSD","PV0","PV1","PV2","PV3","PV4","QD"), 
  geno=c("DP","GL","GQ","GT","PL","SP","FI"),
  samples=strain, 
  fixed="FILTER",
  which=gnrng
  )

#This is the example:
out1.vcf<-tempfile()
in1<-readVcf(fl,"hg19")
writeVcf(in1,out1.vcf)

库（VariantAnotation）
param这是一个可重复的示例

library(VariantAnnotation)
fl <- system.file("extdata", "chr22.vcf.gz", package="VariantAnnotation")
param <- ScanVcfParam(fixed="FILTER")
writeVcf(readVcf(fl, "hg19", param=param), tempfile())

## Error in .pasteCollapse(ALT, ",") : 'x' must be a CharacterList

库（VariantAnotation）
fl感谢您报告此错误。该问题已在1.9.47版（devel分支）中修复。该修复程序将在4月14日后在发布分支中提供

问题是您有选择地从“固定”字段导入了“筛选器”，而不是从“ALT”字段导入。writeVcf（）引发错误，因为没有可写入的ALT值。如果您没有使用修复程序访问该版本，一个解决方法是导入ALT字段

ScanVcfParam(fixed = c("ALT", "FILTER"))

您可以看到使用fixed（）访问器输入了哪些值：

fixed(vcf)

请在马丁引用的Bioconductor邮件列表中报告错误或问题。更多的Bioc用户将看到这个问题，您将更快地获得帮助

Valerie
请询问有关Bioconductor包装的问题（无需订阅）。确保提供
sessionInfo（）
的输出，因为这听起来像是包中的一个bug。
param <- ScanVcfParam(fixed="ALT")
writeVcf(readVcf(fl, "hg19", param=param), tempfile())

ScanVcfParam(fixed = c("ALT", "FILTER"))

fixed(vcf)