在R中使用分层聚类生成描述数据集中群集的热图

我正在尝试使用由蛋白质-dna相互作用组成的数据集，对数据进行聚类，并生成一个热图，该热图显示生成的数据，从而使数据看起来像是在对角线上排列的聚类。我能够对数据进行聚类并生成该数据的树状图，但是当我使用R中的heatmap函数生成数据的热图时，聚类是不可见的。如果你看前两张图片，一张是我能生成的树状图，第二张是我能生成的热图，第三张只是一个聚集热图的例子，它显示了我期望结果的大致外观。从比较第二个和第三个图像中可以看出，第三个图像中有簇，而第二个图像中没有簇

以下是指向我的数据集的链接：

我能够对数据进行聚类，并在R中生成一个刚刚好的结果：

args

事实证明，我应该先利用数据的某种相关性生成一个距离矩阵。我使用pearson计算矩阵上的相似度值，然后调用heapmap函数，这使得数据更容易聚类。一旦我能够生成集群，我就可以让它们在对角线上排列。以上就是现在的结果。我必须改变我在数据集上对热图的调用方式，以便集群在轴上排列：

heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)

所以你可以聚类，生成热图…到底是什么问题？嗨，保罗，当我生成热图时，数据没有聚类。我似乎能够生成聚集数据树，并且我可以生成数据的热图，但是当我生成热图时，数据不是聚集的。请提供一个可复制的示例，并包括聚集的输出和热图。从示例和输出中，您需要准确地向我们展示您的期望，以及为什么您得到的结果是错误的。嗨，Paul，问题是我期望得到清晰的聚类，但没有得到类似的结果，但事实证明，我应该通过pearson或其他方法运行数据，以生成良好的距离值。一旦我这样做了，我就在数据中看到了集群。@PaulHiemstra我已经尝试回答你的所有评论，如果仍然没有意义，请告诉我。谢谢