从master.R文件编织.rmd时，在.rmd块中查找文件源时出现问题

假设我有一个名为

testknit

的项目目录（我有，请参见MRE），在这个目录中我有几个子目录，包括

scripts

，其中保存了

.R

和

.rmd

文件

在RStudio中，我创建了一个项目，并选择了这个

testknit

目录，这样当我打开项目时，工作目录就是

mypath/testknit

在

testknit/scripts

内部，我有一个

master.R

文件。如果我想获得一个名为

testsource1.R

的文件，它也在

testknit/scripts

中，我可以从

master.R

中运行

source（“scripts/testsource1.R”）

library(knitr)
getwd()
# [1] "mypath/testknit"
source("scripts/testsource1.R")

到目前为止还不错

但是假设我还想编织一个名为

test.rmd

的

test.rmd

文件，它位于

testknit/scripts

中。我可以从

master.R

运行

knit（“scripts/test.rmd”）

我的

test.rmd

文件执行以下操作：

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

```{r option1}
  source("scripts/testsource2.R")
```

```{r option2}
  source("testsource2.R")
```

由于

test.rmd

存在于

testknit/scripts

中，因此我在第一个块中指定

opts\u knit$set（root.dir='../'）

，以便knitr知道我的根目录实际上是上一级的

当我在RStudio中打开

test.rmd

并单击

knit HTML

时，可以预见，

option1

块起作用，

option2

块不起作用

但是当我试图通过从

master.R

运行

knit（“scripts/test.rmd”）

而不是从

.rmd

文件中编织

test.rmd

时，两个块选项都不起作用。两者都返回一个错误，即没有该名称的文件

我做错了什么？从主

.R

编织

.rmd

文件时，为什么R找不到

testsource2.R

有关可复制的示例，请参见上面的github链接

更新：

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正如我在下面的评论中所指出的，我尝试添加

wd@Yihui：也许你可以使用
normalizePath（'../'）
创建一个绝对路径。一个相对工作目录可能会让人感到困惑（至少在我读了太多级别的相对路径之后，我的头会痛：）。顺便说一句，在RStudio中编织HTML时，RStudio首先将工作目录更改为输入Rmd文件

我：是的！只需使用
opts_knit$set（root.dir=normalizePath（'../'）
即可从
master.R
编织
.rmd
文件，并编织为html或运行
.rmd
中的所有块。我更新了<代码>test-b.rmd

现在显示了这一点。谢谢

不知道，但是为什么不通过在每个块中添加

getwd（）

调用来进一步插入

.rmd

文件？@BenBolker，我添加了

wd，也许您可以使用
normalizePath（'../'）
创建一个绝对路径。一个相对工作目录可能会让人感到困惑（至少在我读了太多级别的相对路径之后，我的头会痛：）。顺便说一句，在RStudio中编织HTML时，RStudio首先将工作目录更改为输入Rmd文件。没问题。只要让我知道这个黑暗中的盲目射击是否有效：）是的！只需使用
opts_knit$set（root.dir=normalizePath（'../'）
即可从
master.R
编织
.rmd
文件，并编织为html或运行
.rmd
中的所有块。我更新了github示例<代码>test-b.rmd

现在显示了这一点。谢谢如果你创建了一个答案，我会选择它。

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

```{r setup}
  library(knitr)
  wd <- ifelse(basename(getwd())=="scripts", 
               gsub("/scripts", "", getwd()),
               getwd())
  opts_knit$set(root.dir=wd)
```