R 列名称中的破折号表示“；“未找到对象”；错误

我有一个从数据生成散点图的函数，其中提供了一个参数来选择要使用哪个列为点着色。以下是一个简化版本：

library(ggplot2)

plot_gene <- function (df, gene) {
   ggplot(df, aes(x, y)) + 
     geom_point(aes_string(col = gene)) +
     scale_color_gradient()
}

似乎正在解析

基因

变量（

“H2-Aa”

变为

H2-Aa

）。我怎样才能避开这件事？是否有方法指示字符串不应在

aes_string

中通过

eval

可复制输入 如果您需要一些输入来处理，则会像我的数据一样失败：

df <- data.frame(c(1,2), c(2,1), c(1,2), c(2,1))
colnames(df) <- c("x", "y", "Gapdh", "H2-Aa")

---

df通常R会尽力确保data.frame中的列名可以是有效的变量名。在使用使用非标准求值类型语法的函数时，使用非标准列名（不是有效变量名的列名）会导致问题。当你专注于使用这些变量名时，你经常需要把它们包装在后面的记号中。在正常情况下

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = H2-Aa)) +
  scale_color_gradient()
# Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'H2' not found

将返回一个错误，但

ggplot(df, aes(x, y)) + 
  geom_point(aes(col = `H2-Aa`)) +
  scale_color_gradient()

会有用的

如果你真的愿意，你可以粘贴背景标记

geom_point(aes_string(col = paste0("`", gene, "`")))

或者你也可以把它当作一个符号来使用
aes\u q
instread

geom_point(aes_q(col = as.name(gene)))

最新版本的
ggplot
支持通过
转义
而不是使用
aes\u string
或
aes\u q
，这样您就可以

geom_point(aes(col = !!rlang::sym(gene)))

即使是像
colnames（test）这样的命令，您也可以将它们设置为您想要的任何值，但是当通过
read.table
导入数据时，它们会被正确重命名（除非您禁用）。我们应该仔细考虑非标准列名是否真的值得所有额外的麻烦。我确实使用了<代码>阅读>表>代码>，没有其他参数比<代码>标题=真< /代码>。它没有像你建议的那样清理我的列名。哇。我发现这非常令人惊讶。您确定没有设置
check.names=FALSE
或以其他方式重命名它们吗？如果我运行
read.table（text=“a-b，c\n1,2”，header=T，sep=“，”）
我看到
-
变成了
以下是我导入数据的步骤：

geom_point(aes(col = !!rlang::sym(gene)))