Rmpi无法作为非根用户加载共享库

我在尝试加载Rmpi时遇到问题，并收到以下错误消息：

> library('Rmpi')
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
  unable to load shared library '/usr/lib64/R/library/Rmpi/libs/Rmpi.so':
  libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
In addition: Warning message:
.Last.lib failed in detach() for 'Rmpi', details:
  call: dyn.unload(file.path(libpath, "libs", paste("Rmpi", .Platform$dynlib.ext,
  error: dynamic/shared library '/usr/lib64/R/library/Rmpi/libs/Rmpi.so' was not loaded
Error in library("Rmpi") : .First.lib failed for 'Rmpi'

但是，当我以root用户身份登录时，不会发生此错误

这似乎不是权限问题。我检查了libmpi.so.0的权限：

[meehan@cnl10 /]$ ll /usr/lib64/lam/lib/
total 7.4M
-rw-r--r-- 1 root root  207 May 25  2008 lam.module
-rw-r--r-- 1 root root 885K May 25  2008 liblam.a
-rw-r--r-- 1 root root 361K May 25  2008 liblamf77mpi.a
lrwxrwxrwx 1 root root   21 Apr 12  2010 liblamf77mpi.so -> liblamf77mpi.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root   21 Apr 12  2010 liblamf77mpi.so.0 -> liblamf77mpi.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root  73K May 25  2008 liblamf77mpi.so.0.0.0
-rw-r--r-- 1 root root 2.2M May 25  2008 liblammpi++.a
-rw-r--r-- 1 root root 509K May 25  2008 liblammpio.a
lrwxrwxrwx 1 root root   20 Apr 12  2010 liblammpi++.so -> liblammpi++.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root   20 Apr 12  2010 liblammpi++.so.0 -> liblammpi++.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 167K May 25  2008 liblammpi++.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root   15 Apr 12  2010 liblam.so -> liblam.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root   15 Apr 12  2010 liblam.so.0 -> liblam.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 332K May 25  2008 liblam.so.0.0.0
-rw-r--r-- 1 root root 2.2M May 25  2008 libmpi.a
lrwxrwxrwx 1 root root   15 Apr 12  2010 libmpi.so -> libmpi.so.0.0.0
lrwxrwxrwx 1 root root   15 Apr 12  2010 libmpi.so.0 -> libmpi.so.0.0.0
-rwxr-xr-x 1 root root 655K May 25  2008 libmpi.so.0.0.0

和Rmpi.so：

[meehan@cnl10 /]$ ll /usr/lib64/R/library/Rmpi/libs/
total 108K
-rwxr-xr-x 1 root root 104K Jan 20  2011 Rmpi.so

不管怎么说，我是以sudo的身份运行R

相关系统信息： -Linux发行版：CentOS 5.5 -R版本：2.11.1（2010-05-31） -Rmpi版本：0.5-8 -MPI实现是openmpi

[meehan@cnl10 /]$  echo $LD_LIBRARY_PATH
/opt/lib:/opt/open-mpi/tcp-`gnu41/lib:/opt/intel/mkl/10.2/lib/em64t:/opt/intel/fce/11.1/lib:/opt/intel/cce/11.1/lib:`

---

任何帮助都将不胜感激

这里的问题是OpenMPI默认情况下不向系统链接器注册其库目录。这就是为什么一些安装指南建议您将其目录放在

LD\u LIBRARY\u PATH

变量中，以便在运行时找到这些库。但是，“将目录添加到LD_LIBRARY_PATH”必须在每次加载新shell时完成，这就是为什么这些指南建议将其放入

~/.bashrc

或类似文件中，以便在每次登录时恢复设置

但是，

~/.bashrc

文件（或

~/.profile

或任何类似文件）是用户特定的设置。假设在安装openmpi和Rmpi等时以root用户身份登录，这似乎是可能的，这意味着添加到这些用户特定的文件只会在以root用户身份运行时设置库路径，而不会像通常的运行时用户那样

通常，修复方法是告诉链接器在哪里可以找到这些文件。在运行CentOS 7、OpenMPI 1.10.0（使用Scientific Linux RPM）、R 3.2.3和Rmpi 0.6-5的我自己的系统上，当我无法设置库路径时会发生以下情况：

[dchurch@workstation ~]$ R -q -e "library('Rmpi')"
> library('Rmpi')
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/Rmpi/libs/Rmpi.so':
  libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: package or namespace load failed for ‘Rmpi’
Execution halted        

如果我使用临时变量临时设置链接器路径，则它适用于此调用：

[dchurch@workstation ~]$ LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib R -q -e "library('Rmpi')"
> library('Rmpi')       
>
>

但是，要使此更改永久化，最好的方法是通过在

/etc/ld.so.conf.d

中创建一个新文件并运行

ldconfig

，将openmpi库目录注册到系统链接器本身：

[dchurch@workstation ~]$ sudo sh -c 'echo /usr/lib64/openmpi/lib > /etc/ld.so.conf.d/openmpi.conf; ldconfig'
[dchurch@workstation ~]$ R -q -e "library('Rmpi')"
> library('Rmpi')
>
>

---

完成此操作后，无论环境变量如何，都应该能够为任何用户加载Rmpi。

ldd

可能会有所帮助，请尝试

ldd/usr/lib64/R/library/Rmpi/libs/Rmpi。因此

要查看它所指的库，其中一些库可能不可用。更大的挑战是使用

strace

并查找失败的

open（）。即使在这里发布时出现了这些反勾号，
/usr/lib64/lam/lib
也不是库路径的一部分。此外，您确定这是链接所针对的
Rmpi
的MPI版本吗？混合使用不同的MPI实现在99.9%的时间里都不起作用。我知道这是一个旧线程，但我遇到了完全相同的问题。有人找到解决办法了吗？