R
我有一个问题,关于在建模基因变量时需要使用一些空间校正 我拥有的变量是: Chr、基因开始、基因结束、带信息的碱基数、之前的多样性、之后的多样性、δ多样性、重组、散度、GC含量、选择系数 我的反应变量是:多样性缺失(delta_division),即之前的多样性-之后的多样性 我的解释变量是:重组、分歧、GC_含量和选择系数 然而,我也在考虑开始时的多样性(之前的多样性),因为多样性中的丢失可能取决于初始多样性,以及带有信息的基的数量,理想情况下应该是基因-末端-基因-起始,但有时我们缺少某个位置的信息,因此可能会更少 现在,我的代码如下所示:R,r,spatial,modeling,gam,genome,R,Spatial,Modeling,Gam,Genome,我有一个问题,关于在建模基因变量时需要使用一些空间校正 我拥有的变量是: Chr、基因开始、基因结束、带信息的碱基数、之前的多样性、之后的多样性、δ多样性、重组、散度、GC含量、选择系数 我的反应变量是:多样性缺失(delta_division),即之前的多样性-之后的多样性 我的解释变量是:重组、分歧、GC_含量和选择系数 然而,我也在考虑开始时的多样性(之前的多样性),因为多样性中的丢失可能取决于初始多样性,以及带有信息的基的数量,理想情况下应该是基因-末端-基因-起始,但有时我们缺少某个位
library(mgcv)
model <- gam (delta_diversity ~
s(number_of_bases_with_info, bs="tp", k=10) +
s(diversity_before, bs="tp", k=10) +
s(recombination, bs="tp", k=10, m=2)+
s(divergence, bs="tp", k=10)+
s(GC_content, bs="tp", k=10)+
s(selection_coefficient, bs="tp", k=10),
# Dataframe
data=dataframe,
# Method and family
method="REML", family="gaussian")
这不适用于这里,因为我在chr中有坐标(从位置x到位置y)
我的问题是:
难道不能考虑空间相关性来解释这种奇怪的残差模式吗
我是否应该考虑它,以及如何?< /P>
任何关于为什么我的残差看起来如此奇怪,或者如何改进我的模型的其他信息都是非常受欢迎的
corExp(form=~Latitude + Longitude)