R can'；t打开并行集群的套接字

我试图使用

并行

包，发现

makeCluster

无法完成。我在

newPSOCKnode

中跟踪了挂起到以下行：

con <- socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, 
    blocking = TRUE, open = "a+b", timeout = timeout)

所以除了一个不同的端口号之外，我认为一切都匹配

下一个技巧：我打开一个shell并运行

netsh advfirewall firewall add rule name=“Open Port 11017”dir=in action=allow protocol=TCP localport=11017

，得到一个“OK”响应。 我运行了

netstat-a-n

并找到以下行：

TCP 0.0.0.0:11017 0.0.0.0.0:0监听

但是运行

makePSOCKcluster

仍然挂起在同一位置

下一步： 我尝试从命令行运行

R

（通过cygwin bash），得到的错误消息是loadhistory（file）中的

error：没有可用的历史机制
执行暂停

，然后-C将我返回到R提示符。

测试1：明显的命令有效吗

library(parallel)    
cluster <- makePSOCKcluster("localhost")    
parSapply(cluster, 1:5, sqrt)
stopCluster(cluster)

---

您得到的是相同的消息吗？

您所描述的是PSOCK集群的典型问题：

makeCluster

挂起。由于许多原因，它可能会挂起，因为它必须创建所有进程，称为“worker”进程，这些进程将执行“集群”的实际工作，其中包括使用Rscript命令启动新的R会话，Rscript命令将执行

.slaveRSOCK

函数，它将创建一个回主机的套接字连接，然后执行

slaveLoop

函数，最终执行主机发送给它的任务。如果启动任何工作进程时出现任何错误（相信我：很多工作进程都可能出错），那么主进程将在执行

socketConnection

时挂起，等待工作进程连接到主进程，即使该工作进程可能已死亡或从未成功创建

对于许多失败场景，使用

outfile

参数是很好的，因为它经常揭示导致工作进程死亡的错误，从而导致主进程挂起。但如果没有显示任何信息，我将进入手动模式。在手动模式下，主机打印命令以启动每个工作程序，而不是执行命令本身。这是更多的工作，但它给了您完全的控制，如果需要，您甚至可以调试到worker中

下面是一个例子：

> library(parallel)
> cl <- makePSOCKcluster(1, manual=TRUE, outfile='log.txt')
Manually start worker on localhost with
   '/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=localhost
PORT=10187 OUT=log.txt TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE 

在该R会话中，您可以在

.slaveRSOCK

函数上设置断点，然后执行它：

> debug(parallel:::.slaveRSOCK)
> parallel:::.slaveRSOCK()

现在您可以开始单步执行代码，可能会在

slaveLoop

和

makeSOCKmaster

函数上设置断点。在您的情况下，我假设它将挂起尝试创建套接字连接，在这种情况下，您的问题的标题将是合适的

有关此类问题的更多信息，请参阅

更新

现在这个问题已经解决了，我可以添加两个调试

makePSOCKcluster

问题的提示：

• 检查.Rprofile中的任何内容是否仅在交互模式下工作
• 在Windows上，使用Rterm命令而不是Rgui，以便更容易看到错误消息和使用

  outfile=''

  输出的结果

---

好吧，我不觉得自己是个十足的白痴吗
我回到了“软件调试的三个R”（重试、重新启动、重新加载），在重新启动我的系统并成功执行手动工作者启动后，我尝试创建一个带有

manual=FALSE

的集群，并立即获得成功
编辑：我应该明确指出，将我的

.Rprofile

从

loadhistory（）

更改为

if（interactive（））loadhistory（）

对于成功使用

集群

功能至关重要
我非常感谢里奇和史蒂夫提出的所有有益的意见和建议。我确实在“幕后”学到了很多东西，所以这次经历至少对我来说是非常积极的

---

（因此，我不知道Windows操作系统的什么东西或中断的调用一直在妨碍我，但结局很好一切都很好）
在

makeCluster（…，Rscript=）

中指定

Rscript.exe

的适当路径阻止了我挂起该函数。“不过，那是很久以前的事了。”本巴恩斯试过——不行。我检查了一下；仍然正确生成了默认路径。主机挂起在那里，因为它正在等待刚刚开始连接回它的工作进程。真正的问题几乎肯定在工人身上。尝试使用outfile选项查看工作进程是否抛出错误，或者是否由于防火墙而挂起。查看对

makeCluster

的调用会很有帮助，因为这样可以控制工作进程的启动方式。@SteveWeston我试过了；没有错误（或者至少没有创建任何文件）生成延迟，尝试

debug（socketConnection）

会让我挂起R，直接从全局环境运行问题中的代码段也是如此。请参阅上面的my

ls.str

dump。顺便说一句，这里没有命令吗（无论是在cmd.exe中还是在cygwin bash窗口中，我都可以用来查看我的端口状态？@CarlWitthoft:在这里查找被阻止的端口。我将我的突袭添加到

netstat

和

netsh

。我得到以下信息：`C:/Users/carl.witthoft/Documents/R/R-3.0.1/bin/x64/Rscript'-e'parallel:：：：.slaveRSOCK（）'MASTER=localhost PORT=11017 OUT=mylog.txt TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE.External2中的错误（C_loadhistory，文件）：“loadhistory”只能在Rgui和Rterm调用中使用：loadhistory执行已暂停。我希望这意味着我需要修改.Rprofile以避免loadhistory调用。我会继续下去。好的，从

中删除
loadhistory
。Rprofile

可以避免暂停。但是，bash终端和Rgui都不会返回。我注意感谢你的帮助，如果我能解决的话

> library(parallel)
> cl <- makePSOCKcluster(1, manual=TRUE, outfile='log.txt')
Manually start worker on localhost with
   '/usr/lib/R/bin/Rscript' -e 'parallel:::.slaveRSOCK()' MASTER=localhost
PORT=10187 OUT=log.txt TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE 

$ R --vanilla --args MASTER=localhost PORT=10187 OUT=log.txt TIMEOUT=2592000 METHODS=TRUE XDR=TRUE

> debug(parallel:::.slaveRSOCK)
> parallel:::.slaveRSOCK()