R 在nMDS(素食主义者)中,如何使一个因素显示为符号,另一个因素显示为颜色?
我试图用嵌套因子绘制数据的nMDS图。我希望国家导弹防御系统通过使用符号和颜色在一个图上显示这两个因素 在这个可复制的示例中,如果R 在nMDS(素食主义者)中,如何使一个因素显示为符号,另一个因素显示为颜色?,r,data-visualization,multi-dimensional-scaling,R,Data Visualization,Multi Dimensional Scaling,我试图用嵌套因子绘制数据的nMDS图。我希望国家导弹防御系统通过使用符号和颜色在一个图上显示这两个因素 在这个可复制的示例中,如果use嵌套在weather中,我希望绘图将weather显示为不同的符号,然后将use显示为不同的颜色 到目前为止,我已经明白了这一点: library("vegan") library("BiodiversityR") data(dune, dune.env) MDS <- metaMDS(dune, distance="bray", strata=dune
use
嵌套在weather
中,我希望绘图将weather
显示为不同的符号,然后将use
显示为不同的颜色
到目前为止,我已经明白了这一点:
library("vegan")
library("BiodiversityR")
data(dune, dune.env)
MDS <- metaMDS(dune, distance="bray", strata=dune.env$Moisture)
MDS
plot(MDS$points[,2], MDS$points[,1], type="n", main="Communities by Use",
xlab="NMDS Axis 1", ylab="NMDS Axis 2", xlim=c(-1.5,1.5), ylim=c(-1.5,1.5))
ordisymbol(MDS, dune.env, factor="Use", cex=1.25, rainbow=T, legend=T)
library(“素食主义者”)
图书馆(“生物多样性”)
数据(沙丘,沙丘环境)
MDS通过修改这个问题的答案,找到了答案:
数据(dune,dune.env)
沙丘
data(dune, dune.env)
dune.MDS <- metaMDS(dune, distance = "bray", strata=dune.env$Moisture)
dune.MDS
pchs<- c(0:5)
gr.moi <- factor(dune.env$Moisture)
gr.use <- factor(dune.env$Use)
col.gr <- c("red", "blue", "purple")
plot(dune.MDS, type = "n", display = "sites")
orditorp(dune.MDS,display="species",col="dark grey",air=0.01)
points(dune.MDS, display = "sites", pch = pchs[gr.moi], col = col.gr[gr.use])
legend("topright", legend=levels(gr.moi), bty = "n", col= c("black"), pch = pchs)
legend("bottomright", legend = levels(gr.use), bty = "n", col = col.gr, pch=c(20),)