R 将肽序列与蛋白质匹配

我想把肽序列和给定的蛋白质序列匹配起来。每种蛋白质都有很多肽，其中一些也有重叠。对于输出，我希望有一个新的文件，它还告诉我序列在蛋白质中的位置。 蛋白质示例：

sp | O00170 | AIP | U人类AH受体相互作用蛋白OS=智人GN=AIP PE=1 SV=2 Madiiarredgiqkrviqegrgelpdfqdgtkatfhyrtlhsddegtvlddsragkpm ELIIGKKKFKLPVETIVCTMREGEIAQFLCDIKHVVLYPLVAKSLRNIAVGKDPLEGQRH CCGVAQMREHSSLGHALDALQNPQPLIFHMELKVESPGTYQDPWMTDEEKAKAVP lihqeggnrleghvkeaakakyydaiaclknlqmkeqpgspewiqqqqitplllnycqc Klvveeyevldhcsilnkyddnvkayfkrgkaaavwnaqeaqadfakvledpalap VVSRELQALEARIRQKDEEDKARFRGIFSH 该蛋白质的肽： Ahavwnaqeaqadfak

AVPLIHQEGNR

ehsslghadldalqnpqplifhmemlk

GELPDFQDGTK

NIAVGKDPLEGQR

RVIQEGRGELPDFQDGTK

TLHSDDEGTLDDSR

Vespgtyqdpwamtdeek

VLELDPLAPVSR

我想对很多蛋白质都这么做，有简单的解决方案吗

---

多谢各位

不确定您使用的是哪种语言，但在循环中进行简单的字符串搜索有什么问题

---

这是一个显而易见的解决方案，除非你必须在短时间内计算出一个淫秽的数字。（我猜想，如果你需要每秒超过200秒，那么你可能需要考虑一个更优化的算法。）

我忘了提一下，我想在RTET中这样做，然后运行它们。