R 配对t检验碰撞应用循环（已编辑）

为了回应这些有用的评论，我编辑了原始问题（我假设for循环和apply循环给出不同的结果）。

我使用R运行大量的两组t测试，使用来自分隔表的输入。根据这里和其他地方的建议，我尝试了“for循环”和“apply”来实现这一点。对于“正常”t.test，两者都能很好地工作并给出相同的结果。但是，对于配对t检验，for外观似乎有效，而apply循环则无效。后来，我发现这两个循环都有相同的问题（见下文），但是for循环更能处理这种情况（只有一个循环返回无效结果），而apply循环完全失败

我的输入文件如下所示：（第一行是标题行，数据行有一个名称，组1有4个数据点，组2有4个数据点）：

依此类推（总共约50000条生产线）。第一个数据行（以name19开头）就是罪魁祸首

这是for-loop版本，工作得更好（在有问题的行上失败，但正确处理所有其他行）：

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tableUPDATE既然您说过for循环也会给出错误，并且希望
apply
版本更健壮，为什么不简单地添加一个
tryCatch

pv.list <- apply(table[,2:9],1, function(x) tryCatch( 
  t.test(x[1:4],x[5:8],paired=TRUE)$p.value, error=function(x) NA ))

你真的明白了吗，还是说：

Error in t.test: data are essentially constant

但是仍然不太清楚为什么for循环可以工作。但是请注意，在for循环中，您使用的是
as.numeric
，而在
apply
情况下，您不会这样做…
在这种情况下，我会捕获所有警告和错误，然后进行调查，如下所示：

你也可以在这里找到一些好主意：
t.test（rep（1,4），rep（0,4））
会报告相同的错误。处理1）零方差2）观察值不是≥ 1
我遇到了这个问题，使用tapply进行了大量配对t检验。我使用样本大小作为删除数据的指南，我可能无论如何都不应该在这些数据上运行t测试
 你能提供一个再现错误的最小示例吗？我们可能需要更多的帮助比你给我们上面。但是，不要执行
apply（）
版本中的
as.matrix（）
行。如果
头文件
确实在文件中，那么您可能会在那里遇到麻烦
apply（）
可以在数据帧上正常工作，因此您可以使用
pv.list添加到Gavin的优秀问题中：尝试在启用
debug
的情况下运行
apply
代码。可能会出现一些半明显的索引错误。谢谢您的评论。Gavin建议跳过as.matrix步骤，简化了脚本，但没有改变任何内容。我不熟悉“调试”，我可能稍后再尝试。接下来，我追查到了罪魁祸首，现在我（部分）理解了这个问题。我已经更改了上面的示例文件，这是导致问题的第一行。我可以理解为什么配对t检验不喜欢这些数据，但这是否足以使整个“应用”循环崩溃？对此我能做些什么吗？我应该补充一点，在理解了这个问题之后，我发现for循环也拒绝了这个特定的数据行。我没有注意到这一点，因为循环的其余部分工作正常，并且输出文件看起来不明显（只缺少一行输出），很好地完成了回溯。您是否可以编辑或删除您的问题以反映您更新的问题？我同意这种行为也是不可取的（但在数据中包含Inf比在造成我的问题的看起来无害的数据行更容易发现）。看来t.test不适合批量处理（或者必须采取更多的预防措施）。顺便说一句，for循环对于有问题的行也会失败，但至少会继续并处理所有其他数据lines@user900889-啊哈！请参阅我的更新答案以获得可能的解决方案。为什么我不简单地添加TryCatch？因为我不知道它的存在：-）。谢谢对不起，我的意思是可能是零方差导致了问题的发生，我只是举一个简单的例子来说明简单的通知。我会完整回答
table <- read.table('ttest_in.txt',head=1,sep='\t')
pv.list <- apply(table[,2:9],1,function(x){t.test(x[1:4],x[5:8],paired=TRUE)$p.value})

pv.list <- apply(table[,2:9],1, function(x) tryCatch( 
  t.test(x[1:4],x[5:8],paired=TRUE)$p.value, error=function(x) NA ))

> t.test(1:10, c(rep(1,9), Inf), paired=TRUE)
Error in if (stderr < 10 * .Machine$double.eps * abs(mx)) stop("data are essentially constant") : 
missing value where TRUE/FALSE needed

Error in t.test: data are essentially constant