如何将corrplot与is.corr=FALSE一起使用

我之前用corrplot（）制作了一个漂亮的功能性和完美的实际腐蚀图。现在，我必须以相同的外观获取底层数据。所以我的目标是让三角形相似矩阵和腐蚀图的颜色相同。想象一下，它就像excel中的条件格式一样

我的数据：

它作为csv加载，可以完美地读取csv

我的代码：corrplot（系统发育，is.corr=FALSE，method=“number”，cl.lim=c（0,1））

它向我抛出的错误：

if中的错误（any（corrcl.lim[2]）{：缺少值，其中需要TRUE/FALSE

• 我确保所有列都是数字
• 我确保用NA填充缺失的部分（因为这在以前是个问题）
• 我确保我所有的值都在0和1之间，就像我希望的那样（在这两者之间，当我尝试使用一些东西时，它告诉我我的值不在限制之内）
• 当我更改限制时，错误不会更改
• 当我去掉is.corr=FALSE（默认值=TRUE）时，错误不会改变
• 我和corrplot.mixed玩过，它仍然不起作用
• 一直在引用来自

我已经研究过了，但我不确定它是否能像我在腐蚀图中使用的那样，根据整体梯度用一种颜色填充每个单元格

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我在这里遗漏了什么，它不想用漂亮的颜色把我的表还给我？

我也有同样的错误，但我能够通过将

数据.frame

转换为

矩阵

。我最终得到了

corrplot（as.matrix（df），is.corr=FALSE）

如果我理解正确的话，您发布的数据已经是一个相关矩阵-尽管不是原始数据调用

cor

所产生的那种完全对称的矩阵

在这种情况下，问题在于您的数据中将变量名（物种）作为一列。请将此列更改为行名，删除变量名，然后按照user9536160的建议调用

corrplot

：

# read in your data    
phyl <- as.data.frame(read_csv("Phylogeny.csv"))

# name rows and drop variable names in the df itself
row.names(phyl) <- phyl$Species
phyl <- phyl %>%
  select(-Species)

# call corrplot
corrplot(as.matrix(phyl), is.corr = FALSE)

#读入数据
phyl你能用
dput
@Bertil Baron的格式添加你的数据吗？我添加了数据作为CSV下载。查阅了dput函数，但不确定如何添加它-希望这也能起作用。对不起