在R中使用geiger包中的treedata()时出错

在R中使用geiger包中的treedata()时出错,r,phylogeny,R,Phylogeny,我正在尝试运行以下代码行: tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre"); characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1); treeWData <- treedata(tree, cha

我正在尝试运行以下代码行:

tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre");
characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1);
treeWData <- treedata(tree, characterTable, sort = T);
当我上周运行这段代码时,它成功了。然后,作为日常维护的一部分,我更新了我的所有软件包,现在我发现以下错误:

integermaxoldnodes中出错:向量大小不能为无穷大 此外:警告信息: 在maxoldnodes中:max没有未丢失的参数;返回-Inf

我已经尝试过回滚到以前版本的R,我目前正在RStudio 1.0.143中运行R版本3.4.0;geiger版本为2.0.6,将树作为Newick读取,然后尝试其他树文件,总是会导致相同的错误。当我尝试使用其他树和字符数据集时,我没有得到错误


你知道这个错误意味着什么,和/或如何让代码运行而不抛出这个错误吗?

经过仔细的错误检查,我发现phylogeny文件中的分类单元名称用下划线分隔,而表中的分类单元名称使用骆驼帽。因此,抛出错误是因为系统发育中没有映射到字符表的分类群。

错误消息本身很难诊断。如果您提供了一个示例输入数据,那么会更容易提供帮助。它不一定是您自己的数据,只是复制错误的数据。这里有一个指向文件夹的链接,其中包含将产生错误的数据: